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[GROMACS] MMPBSA脚本出来的结果乱码的问题

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楼主
本帖最后由 黄舒伟 于 2021-7-7 15:53 编辑

想求教一下我这个体系为什么出来的MMPBSA的数据的乱码的?(MMPBSA脚本跑其他体系能出正常数据)
XTC文件由于太大,只取了后面0.5ns,方便大佬们测试。
后补:不是乱码,是VDW太大,而VDW异常大的原因不知,老师说是坐标读取的问题,目前也不知道怎么去解决。求助大佬。

_pid~MMPBSA.dat

2.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

乱码的MMPBSA数据

mmpbsa.bsh

24.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

mmpbsa脚本

index.ndx

2.02 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

md.tpr

2.77 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

md1.xtc

4.08 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 22:43:24 | 只看该作者 Only view this author
终于知道了,原来不是乱码,而是我的体系结合能太大了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-7 15:51:59 | 只看该作者 Only view this author
琢磨了很久,还是有问题,发现确实不是乱码,但是VDW就是很大,问了老师说是坐标读取的问题,但是还是不知道怎么解决,所以想请问一下社友们应该怎么办呢?有什么好的ideal?

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