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楼主 Author: 芮啦
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[GROMACS] 求助:在能量最小化时提示错误信息One or more water molecules can not be settled

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发表于 Post on 2021-8-11 20:45:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sdf 于 2021-8-11 20:50 编辑
木林森 发表于 2021-6-21 22:49
我现在就是在linux下,同样的问题一直报错

您好,请问您的这个问题解决了吗?我是在linux下跑,也是一直出错,想请教一下您。Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887500e+04
Maximum force     =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force     =  3.9257707e+03


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发表于 Post on 2021-8-12 10:37:02 | 只看该作者 Only view this author
芮啦 发表于 2021-4-6 18:02
谢谢您的回复,我把盒子的尺寸分别增加到6nm、7nm和8nm,但是还是出现了同样的错误提示。
我在mdp文件中 ...

您好,请问您的这个问题解决了吗?我也遇到同样的情况,想询问一下你。
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887492e+04
Maximum force     =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force     =  3.9257712e+03

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发表于 Post on 2021-9-9 10:39:00 | 只看该作者 Only view this author
sdf 发表于 2021-8-11 20:45
您好,请问您的这个问题解决了吗?我是在linux下跑,也是一直出错,想请教一下您。Steepest Descents con ...

回复的晚了。
我之后就是检查结构,检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题,不麻烦的话重建也可以。

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发表于 Post on 2021-9-14 17:13:32 | 只看该作者 Only view this author
木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构,检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题,不麻烦的话重建也 ...

好的,感谢感谢

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发表于 Post on 2021-9-28 19:11:15 | 只看该作者 Only view this author
木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构,检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题,不麻烦的话重建也 ...

你好,我也遇到同样的问题。请问一下你是那一步的结构出问题了。

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发表于 Post on 2021-9-28 19:23:06 | 只看该作者 Only view this author
木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构,检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题,不麻烦的话重建也 ...

补充一下,我是跑蛋白的时候遇到的这个问题,前面最小化,nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上述问题(大概是整体时间的一半),而且我换了一个蛋白也一样。

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发表于 Post on 2021-10-13 09:30:51 | 只看该作者 Only view this author
蔡亚磊 发表于 2021-9-28 19:23
补充一下,我是跑蛋白的时候遇到的这个问题,前面最小化,nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上 ...

我的是初始结构出了小问题

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发表于 Post on 2021-11-16 12:26:25 | 只看该作者 Only view this author
木林森 发表于 2021-10-13 09:30
我的是初始结构出了小问题

您好,我也出现了同样的问题,但是报Fmax的原子都是加进去的水,挺奇怪的

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发表于 Post on 2022-6-1 16:00:57 | 只看该作者 Only view this author
木林森 发表于 2021-6-21 22:49
我现在就是在linux下,同样的问题一直报错

请问问题解决了吗?我现在碰到同样的问题。

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发表于 Post on 2022-7-27 20:35:06 | 只看该作者 Only view this author
chengb917 发表于 2022-6-1 16:00
请问问题解决了吗?我现在碰到同样的问题。

解决了,就是结构和mdp的问题,需要认真检查。

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发表于 Post on 2023-7-20 21:07:05 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-6-19 14:45
是的。如果反复多次还不能最小化,就考虑用双精度,
如果还不行,就考虑是自己做的模型是否合理。

您好,我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来,但没有报错,然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩溃了,怎么检查我的模型有没有问题呢,我是双相体系,两相单独分开能量最小化就可以,但合起来就不行了
,可以讲讲您解决的步骤吗,非常感谢您。

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发表于 Post on 2023-7-20 21:31:34 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2023-7-20 21:07
您好,我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来,但没有报错,然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩 ...

我现在的意见,只要em以后,跑md报错,大大大大概率是分子拓扑不正确
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2023-12-18 22:26:49 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-7-20 21:31
我现在的意见,只要em以后,跑md报错,大大大大概率是分子拓扑不正确

请问能量最小化成功的标准是啥

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发表于 Post on 2023-12-19 07:29:44 | 只看该作者 Only view this author
xiaohaha123 发表于 2023-12-18 22:26
请问能量最小化成功的标准是啥

一般情况下,如果在.top中,各个分子出现顺序正常,力场合适,正常结束em后,能跑起来MD,基本上就正确。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2024-4-12 00:44:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 juqing 于 2024-4-12 00:46 编辑
芮啦 发表于 2021-4-8 09:41
谢谢sob老师,我的初始结构和拓扑文件应该没有问题,在建模的过程中系统也没有警告和注释,这个问题困扰 ...

请问解决了吗,如果在linux下遇到一样的问题应该怎么做呢?

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