直接用文献中的cif得到甲烷水合物gro文件，氢原子多了一倍，该如何解决

牧生

UPC-Ning 发表于 2021-8-20 22:24
请问您解决了这个问题了嘛？有一种方案我看到的是使用acpype生成所需的.gro和.itp文件，力场选择的是OPLS-A ...

折腾了这么久，已经能很好的出现了甲烷水合物了。
不过有一点我还是不明白，使用甲烷水合物作为晶胞种子，再加入水和甲烷，低温高压下跑MD，甲烷不会乱跑，就能出现漂亮的甲烷水合物生长。但是，如果只使用冰作为晶胞种子，再加入水和甲烷，低温高压下跑MD，甲烷就很容易聚集形成气泡。

使用amber和opls力场均是类似的现象。

2022.7.26 补充：sI冰和sI型水合物，其实是不一样的。将sI型水合物中水抠出来，当作冰去做模拟，瞬间就散了。所以，模拟冰还是要用冰做种子，模拟水合物还是要用水合物做种子。

UPC-Ning

牧生 发表于 2021-9-13 10:38
折腾了这么久，已经能很好的出现了甲烷水合物了。
不过有一点我还是不明白，使用甲烷水合物作为晶胞种子 ...

水合物晶胞的cif文件使用什么转化的？还有一点我不太清楚 低温无论是270K还是250K，水分子会形成冰嘛？谢谢您了

牧生

UPC-Ning 发表于 2021-9-14 11:56
水合物晶胞的cif文件使用什么转化的？还有一点我不太清楚 低温无论是270K还是250K，水分子会形成冰嘛？谢 ...

使用Multiwfn轻松扩胞并保存为pdb格式，并可以傻瓜式的把所有成键关系弄的明明白白。

会结冰的。

UPC-Ning

牧生 发表于 2021-9-14 13:54
使用Multiwfn轻松扩胞并保存为pdb格式，并可以傻瓜式的把所有成键关系弄的明明白白。

会结冰的。

了解了，谢谢您了

xiyel

牧生 发表于 2021-3-10 10:51
https://zhuanlan.zhihu.com/p/127009955

您好，冰结冰应该怎么模拟啊 ，摸索了好久也不会

牧生

xiyel 发表于 2021-9-16 11:37
您好，冰结冰应该怎么模拟啊 ，摸索了好久也不会

https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937

这个教程，已经很详细了，努力照着做，一定能成功。最好全程在centos下操作。
如果仍然不会，再来问

牧生

sobereva 发表于 2021-2-23 10:04
那是因为原子占据数不为1，程序把所有可能的占据位置都描述成一个原子，所以看上去氢的数目多于实际，不管 ...

今天重新看了一遍这个问题，可以解决了。参照的是这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html

步骤一：使用Multiwfn打开这个cif格式，让Multiwfn把截断的分子保留完整，然后把氢原子放到最后，再选择自动成键，存为pdb。

步骤二：文本编辑软件打开这个pdb，手动删除O后面多余的氢原子，删除C后面多余的氢原子，保存。（只是一个简单的单胞，行数不多，手动一分钟也就完成了。）

步骤三：重复步骤一，即可得到正确的甲烷水合物单胞。
步骤四：使用Multiwfn扩胞2×2×2，得到图像如下

牧生

libo371324 发表于 2021-3-10 10:08
问题解决了吗

几个月以后，现在问题都解决了

UPC-Ning

牧生 发表于 2021-9-16 12:34
今天重新看了一遍这个问题，可以解决了。参照的是这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html ...

1.不太清楚您说的步骤一中 再选择自动成键 这个怎么实现呢 我使用0查看当前结构的时候 已经成键了啊
2. 编辑pdb中 您说要删除O和C后面多余的H原子 可是我输出的pdb中O和C后并无多余的H原子 这个是怎么回事呢？

牧生

UPC-Ning 发表于 2021-9-16 16:32
1.不太清楚您说的步骤一中 再选择自动成键 这个怎么实现呢 我使用0查看当前结构的时候 已经成键了啊
2.  ...

1. Multiwfn中依次选择   300  7    13    4   就能把你附件中的OOOOOO……变成OHHOHHOHH……
2. 我是使用我一楼附件中的cif，就会多出很多H

侧耳倾听

请问您的这个问题解决了吗，我在将一个结构的cif文件转换成gro文件时也遇到了相同的问题，如果您解决了是否方便指导一下？谢谢！

牧生

侧耳倾听 发表于 2021-10-16 09:34
请问您的这个问题解决了吗，我在将一个结构的cif文件转换成gro文件时也遇到了相同的问题，如果您解决了是否 ...

第22楼给出了解决方法。

如果仍有问题，再发帖。

牧生

libo371324 发表于 2021-3-17 08:48
我觉得也是，即使进去啦，也不说明是形成了甲烷水合物，需要找找判断甲烷水合物的方法

回顾以前的帖子，现在来回答。。

可以通过F3，F4序参数来说明形成冰型的结构，也可以计算笼子形成的数量。 这是我目前认为比较直观的论

faylovesnow

牧生 发表于 2021-12-15 19:51
回顾以前的帖子，现在来回答。。

可以通过F3，F4序参数来说明形成冰型的结构，也可以计算笼子形成的数 ...

您好，我看文献在模拟温度和压力分别为 250 K、50 MPa条件下，溶液状态下即可形成甲烷水合物和CO2水合物，不知道您有没有成功模拟出过呢？

牧生

faylovesnow 发表于 2022-7-26 18:12
您好，我看文献在模拟温度和压力分别为 250 K、50 MPa条件下，溶液状态下即可形成甲烷水合物和CO2水合物 ...

做出来了。我做的是275k，10mpa
有水合物晶种情况下，生长极为迅速。
没有晶种时，二氧化碳与水分开形成两相，跑了5微秒都不形成水合物