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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法

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发表于 Post on 2023-3-3 12:20:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是按着文中描述来的呀,还是没找到问题在哪儿,请老师再指教一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:24:58 | 只看该作者 Only view this author
Nemoyu 发表于 2023-3-3 12:20
老师,我是按着文中描述来的呀,还是没找到问题在哪儿,请老师再指教一下

装VMD 1.9.3 32bit,别装到带空格目录下。有问题到时候再说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-4 17:23:52 | 只看该作者 Only view this author
更新了下文、添加了新脚本,现在允许让箭头的始端位于原子上了
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发表于 Post on 2024-2-7 23:40:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-4 17:23
更新了下文、添加了新脚本,现在允许让箭头的始端位于原子上了

1.9.4把脚本里所有变量名x,y,z改成x0,y0,z0就可以正常使用了

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发表于 Post on 2024-11-7 20:00:07 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-9-8 22:13
vmd这个有点儿无厘头啊,定义x为string是要闹哪样,明显x是用户非常常用的关键词吧...感觉1.9.4和1.9.3内 ...

您好,我在最新版本的脚本文件夹没有找到这个文件

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发表于 Post on 2024-12-6 15:18:27 | 只看该作者 Only view this author
请问一下sob老师,我想把分子中某些部分隐去并且将这个原子上的振动箭头隐去,比如氢原子,请问这个能实现吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 03:00:30 | 只看该作者 Only view this author
zhangwei2713 发表于 2024-12-6 15:18
请问一下sob老师,我想把分子中某些部分隐去并且将这个原子上的振动箭头隐去,比如氢原子,请问这个能实现 ...

自己改脚本就行了
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发表于 Post on 2025-2-14 11:07:03 | 只看该作者 Only view this author
然而,起码对于GaussView 6来说,GaussView显示振动矢量的一个很大不足是箭头太细,而且头部不够粗,导致有时候都看不清楚,放在文章里不够美观。


小声说一句,其实File - Preferences - Vibrations里能做的振动矢量显示设置与具体版本有关:6.0.16版里只能通过Scale设长短,6.1.1版里除Scale外还增加了颜色与半径的设置。把半径从默认的0.02增大到0.1以后效果如下,这样箭头清楚多了。当然除了形式键级外,其他如箭头起点的调节还是VMD更灵活。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-3-20 21:33:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 03:00
自己改脚本就行了

sob老师好,我想用VMD画Gaussian里显示的第71个模式的振动,但是VMD中输入71    或者是那一行信息中的123,都不显示振动矢量,请问这是什么原因呢?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-21 06:05:23 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2025-3-20 21:33
sob老师好,我想用VMD画Gaussian里显示的第71个模式的振动,但是VMD中输入71    或者是那一行信息中的123 ...

上传压缩后的Gaussian输出文件,否则没法测试
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发表于 Post on 2025-3-21 17:51:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-21 06:05
上传压缩后的Gaussian输出文件,否则没法测试

t3.zip (602.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 5) ,使用orca优化的结构,使用OfakeG转换过了。麻烦sob老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-22 16:01:02 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2025-3-21 17:51
,使用orca优化的结构,使用OfakeG转换过了。麻烦sob老师了。

本文的脚本是给Gaussian输出文件用的,OfakeG转换的情况不在考虑范围内
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发表于 Post on 2025-3-23 19:34:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-22 16:01
本文的脚本是给Gaussian输出文件用的,OfakeG转换的情况不在考虑范围内

好的,感谢sob老师

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发表于 Post on 2025-3-24 13:54:28 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2025-3-20 21:33
sob老师好,我想用VMD画Gaussian里显示的第71个模式的振动,但是VMD中输入71    或者是那一行信息中的123 ...

确定真是完全画不出箭头,而不是箭头太小被原子球遮盖吗?可以把分子的显示方式的材质调成透明的Transparent或Glass1之类(甚至索性关闭显示)或调小Sphere scale,以及用正文所说norm的参数增大箭头的长度和半径试试。单看你的例子,我没感觉OfakeG转换的输出文件有什么特殊之处是不兼容GauNorm.tcl的,至少看那些string first以及scan读取内容的命令没看到。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-3-31 08:23:47 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-24 13:54
确定真是完全画不出箭头,而不是箭头太小被原子球遮盖吗?可以把分子的显示方式的材质调成透明的Transpar ...

感谢老师答疑,只有较低的振动模式可以显示,71以上的振动模式,确实无法显示。

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