如何书写VASP或其他分子动力学计算中逐步添加原子的脚本

Jaydu1996

大家好，一般在做分子动力学的时候，大家一般都是将所有分子都放在初始模型中，然后开始跑MD。那么如何做到在搭建的初始模型下，在跑MD的过程中逐布添加原子，比如实现石墨的生长机理的探究，我需要在跑MD的过程中逐步加入碳原子，以看其生长机理。具体如图所示。想问一下，这样的一个提交任务的脚本应该如何写呢？

万里云

一个解决方案：

用ASE中的MD模块跑分子动力学，VASP只负责计算原子受力。在ASE中加原子很简单的。

PS：模拟石墨烯生长用KMC算法的多。

Jaydu1996

万里云 发表于 2020-8-20 10:26
一个解决方案：

用ASE中的MD模块跑分子动力学，VASP只负责计算原子受力。在ASE中加原子很简单的。

ASE跑的性能怎么样呢？感觉没见过用它跑分子动力学，虽然知道ASE的功能很强大。

万里云

Jaydu1996 发表于 2020-8-20 10:34
ASE跑的性能怎么样呢？感觉没见过用它跑分子动力学，虽然知道ASE的功能很强大。

ASE MD模块支持的系综不少。AIMD计算量都在原子受力上了，更新原子坐标和速度耗时几乎可以忽略不计。

问题就在于，如果不是用它的GPAW算原子受力，每算一步都要重新启动VASP，会浪费不少时间。不知道现在这个特性有改进没有。