PYXAID NAMD 模拟求助

zhou9527

各位老师好。请问在Pyxaid中进行NAMD模拟的时候，需要设置basis state 、active space和initial condition（不清楚应该怎么翻译合适，见谅）。其中对于所谓的initial condition怎么理解呢？主要我看到了两种不同的表达方式
   1、I 、J 分别定义研究的基态和激发态，此为官网的教程
# Excitations from 102 (HOMO) to [103,... Nmax]
Nmin = 90
HOMO = 102
LUMO = HOMO+1
Nmax = 122

# Initial condition excitation: I->J （HOMO -> LUMO+5）
I = 102
J = 108
# This is how I,J are mapped to index of the corresponding basis state
# see module lazy.py for more details. This is not the most general way
# of such mapping though.
ex_indx = 1 + (J-LUMO)*(HOMO+1 - Nmin) + (I-Nmin) = 78

# Each entry of the list below is an initial condition. It is also a list
# but containing only 2 elements - first is the time step at which we start
# the dynamics, the second is the index of the excited state configuration
params["iconds"] = [ [0,ex_indx], [25, ex_indx], [49, ex_indx] ]



此处第一列是否代表开始将电子从HOMO激发到LUMO+5轨道的时间，还是说开始进行NAMD模拟的时间点呢？


2、第二种表达方式
# Initial conditions
nmicrost = len(params["states"]) # number of (micro)states
ic = []
i = 0
while i < 10:
    j = 0
    while j < nmicrost:
        ic.append([50*i,j])
        j = j + 1
    i = i + 1
params["iconds"] = ic
在这种情况下，似乎有更多的initial condition,而且i、 j的取值感觉不清楚（j=0,是否代表LUMO，然后类推），所以也更不清楚这两种表达方式的区别和联系。

最后希望熟悉Pyxaid程序的老师、同学不吝赐教，十分感谢！！！

Regina

您好，教程可以发给我一份吗，没有找到官网的教程；QQ邮箱：1059656898@qq.com非常感谢

zhou9527

Regina 发表于 2020-8-14 09:20
您好，教程可以发给我一份吗，没有找到官网的教程；QQ邮箱：非常感谢

google 出来的第一个不就是吗