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[综合交流] 观摩sob老师搭建生物膜体系后,出现一个情况,想请教一下

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在sob老师的博文中提到,在导入DPPC后发现两个脂肪链相距太远,进行一系列操作使得脂肪链靠拢。但是我用Chem3D 13导入DPPC,发现它们的脂肪链如下图所示,请问这是否算是符合条件了?

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发表于 Post on 2015-10-9 18:02:15 | 只看该作者 Only view this author
似乎有一个链是卷着的,最好让它展开了,这样搭建膜的时候好处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2015-10-9 21:09:16 | 只看该作者 Only view this author
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/ 试试用这个构建membrane

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 11:19:08 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2015-10-9 21:09
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/ 试试用这个构建membrane

感觉这个好厉害,谢谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 11:19:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-9 18:02
似乎有一个链是卷着的,最好让它展开了,这样搭建膜的时候好处理。

一直以来都受老师帮助,真是万分感谢。

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发表于 Post on 2015-11-10 17:19:12 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-10-15 18:17:14 | 只看该作者 Only view this author
tobeant 发表于 2015-11-10 17:19
http://charmm-gui.org/?doc=input/membrane这个搭建membrane也很好用!

你好,请问一下,我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化,XYZ均为0,是必须要优化吗?因为试过优化,也出现了好多问题,新手请赐教

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发表于 Post on 2017-10-15 21:43:31 | 只看该作者 Only view this author
田田田 发表于 2017-10-15 18:17
你好,请问一下,我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化,XYZ均为0,是必须要优化吗?因为试过优化, ...

你好,我已经好几年没有用过这个了,当时记得是优化了,而且是平台自动优化的,然后导出为NAMD软件格式,没有遇到这个问题。

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发表于 Post on 2017-10-16 11:19:35 | 只看该作者 Only view this author
田田田 发表于 2017-10-15 18:17
你好,请问一下,我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化,XYZ均为0,是必须要优化吗?因为试过优化, ...


charmm-gui失败的话建议用这个,灵活度明显更高,可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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发表于 Post on 2017-10-17 09:23:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-16 11:19
charmm-gui失败的话建议用这个,灵活度明显更高,可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工 ...

谢谢老师了

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发表于 Post on 2017-10-17 09:51:35 | 只看该作者 Only view this author
tobeant 发表于 2017-10-15 21:43
你好,我已经好几年没有用过这个了,当时记得是优化了,而且是平台自动优化的,然后导出为NAMD软件格式, ...

谢谢你啦

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发表于 Post on 2019-4-28 09:46:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-16 11:19
charmm-gui失败的话建议用这个,灵活度明显更高,可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工 ...

老师,请问charmm-gui生成的膜的pdb中生成的盒子大小都为0,且在跑em的时候只有十几步就结束,进而run时出现段错误,是charmm-gui的问题吗,您说的genmixmen是否可生成martini粗粒化的膜?谢谢您老师
生活需要勇气,一定要坚持下去!

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发表于 Post on 2019-4-28 12:56:32 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-4-28 09:46
老师,请问charmm-gui生成的膜的pdb中生成的盒子大小都为0,且在跑em的时候只有十几步就结束,进而run时 ...

我从来不用charmm-gui,建立膜体系我向来都用我自己的genmixmem
genmixmem用于粗粒化完全可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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