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[CASTEP/Dmol3/MS] MS中怎么制作局部位置的电子密度云图?

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请教一下大家,MS软件如何显示局部某些原子的电子密度云图呢?我现在只是能显示整个体系的云图(如图所示),但这样子非常乱,无法突出重点,烦请各位高手帮忙指点一二,不胜感激!


K~$~M_RD7]9[{X`IE(PAHAS.png (301.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 83)

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发表于 Post on 2020-5-26 18:50:39 | 只看该作者 Only view this author
在Display styles里面的field能设置密度网格的范围默认应该是0~1,但是可以改成其他分数,不过应该只能限制方形区域,要搞更复杂的只能写程序去修改grd文件。

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发表于 Post on 2020-5-27 05:21:31 | 只看该作者 Only view this author
如果盒子是矩形的,可以用Multiwfn载入grd文件,利用主功能13的主功能13的格点数据屏蔽功能把不想要的区域的数值设为0,参看Multiwfn手册4.13.4节的例子。之后让Multiwfn导出成cube文件,就可以在VMD、VESTA等程序里观看处理后的等值面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-5-28 09:23:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ChinaHowe 于 2020-5-28 09:29 编辑
卡开发发 发表于 2020-5-26 18:50
在Display styles里面的field能设置密度网格的范围默认应该是0~1,但是可以改成其他分数,不过应该只能限制 ...

前辈,您好。请问一下Windows平台下MS计算出来的3D格点数据,现在有没有其他第三方软件处理并进行可视化的,麻烦您推荐第三方处理软件。(castep下的差分密度数据)

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发表于 Post on 2020-5-28 09:38:27 | 只看该作者 Only view this author
ChinaHowe 发表于 2020-5-28 09:23
前辈,您好。请问一下Windows平台下MS计算出来的3D格点数据,现在有没有其他第三方软件处理并进行可视化 ...

http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mjr/vis/,转换成啥格式咋显示就看你自己需求了。
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发表于 Post on 2020-5-28 20:37:13 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-5-28 09:38
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mjr/vis/,转换成啥格式咋显示就看你自己需求了。

谢谢您。现在我也是装了centos,正在学习如何在该虚拟机下安装C2X。谢谢您,祝您工作愉快

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