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[综合交流] 求助:如何用acpype.py生成H3O+的拓扑文件

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请教各位老师,我用acpype.py生成水合氢离子的拓扑文件时一直报错,输入命令为./acpype.py -i H3O+.mol2,./acpype.py -i H3O+.mol2 -n 1也试过了,报错信息如下:


水合氢离子的分子结构已经用Gaussian优化过了


H3O .mol2 (334 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7)

感谢各位老师!

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发表于 Post on 2020-5-25 02:09:24 | 只看该作者 Only view this author
没法直接生成,本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小,可以直接手动创建拓扑文件。力场参数可以通过seminario等方法得到。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-25 10:06:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-25 02:09
没法直接生成,本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小,可以直接手动创建拓扑文件。力 ...

非常感谢卢老师的答复

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发表于 Post on 2025-4-29 01:20:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JCenter 于 2025-4-29 01:23 编辑
sobereva 发表于 2020-5-25 02:09
没法直接生成,本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小,可以直接手动创建拓扑文件。力 ...

老师,H3O+的力常数可以通过sobtop程序,通过DRIH或m2Seminario计算力常数。那原子类型咋考虑呢,直接使用给出的吗(sobtop给出的是适用于羟基的oh和ho),或者有没有其他较好的适配gaff力场的水合氢的原子类型或者说范德华参数呢
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发表于 Post on 2025-4-29 10:34:34 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-4-29 01:20
老师,H3O+的力常数可以通过sobtop程序,通过DRIH或m2Seminario计算力常数。那原子类型咋考虑呢,直接使 ...

没有专门的原子类型。就用sobtop判断的就完了
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发表于 Post on 2025-4-29 11:21:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-29 10:34
没有专门的原子类型。就用sobtop判断的就完了

感谢卢老师
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