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[VASP] 如何判断反应生成的是自由基还是离子呢?

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想求助一下各位,如何判断反应生成的是自由基还是离子呢?例如HSO5-生成SO4-和OH-,vasp怎么判断哪个是自由基呢?

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发表于 Post on 2020-2-24 20:20:39 | 只看该作者 Only view this author
HSO5-显然不可能生成SO4-和OH-,电荷都不平衡
这种问题不适合VASP,除非计算体系牵扯到周期性
量化角度上,做个自旋布居分析,算个片段电荷就知道是什么情况
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-24 20:26:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-24 20:20
HSO5-显然不可能生成SO4-和OH-,电荷都不平衡
这种问题不适合VASP,除非计算体系牵扯到周期性
量化角度上 ...

谢谢老师,应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质,怎样判断生成的产物哪个是自由基?vasp里面可以做到吗?

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发表于 Post on 2020-2-24 20:28:48 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-2-24 20:26
谢谢老师,应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质,怎样判断生成的产物哪个是自由 ...

我不知道有什么理由要用VASP算这个,远不如量化程序合适,分析手段也很匮乏
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-24 20:35:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-24 20:28
我不知道有什么理由要用VASP算这个,远不如量化程序合适,分析手段也很匮乏

体系是研究碳材料对PMS活化的影响,计算活化能垒。但是就是不知道怎么确定产物是离子还是自由基。那老师可以推荐一些适合的计算程序嘛?目前就只算过vasp和cp2k~

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发表于 Post on 2020-2-25 18:19:39 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-2-24 20:35
体系是研究碳材料对PMS活化的影响,计算活化能垒。但是就是不知道怎么确定产物是离子还是自由基。那老师 ...

Gaussian或者ORCA,用簇模型研究(截出片段,边界饱和),结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很好的范例ACS Catal. 2018, 8, 3825−3832
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-25 20:30:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-25 18:19
Gaussian或者ORCA,用簇模型研究(截出片段,边界饱和),结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很 ...

好的好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-2-26 07:25:53 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-2-24 20:26
谢谢老师,应该是我没有表达清楚。我的原意是HSO5-可能会分解成两个物质,怎样判断生成的产物哪个是自由 ...

vasp或其他周期性程序计算也是同样的,看自旋密度或自旋布居就行,核心问题是,带电荷的表面用VASP不怎么容易处理。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-26 14:49:08 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-2-26 07:25
vasp或其他周期性程序计算也是同样的,看自旋密度或自旋布居就行,核心问题是,带电荷的表面用VASP不怎么 ...

感谢回复!请问,可以通过设置NELECT来进行计算带电体系吗?比较纠结的是,怎么让vasp知道我加进去的是离子还是原子呢?

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发表于 Post on 2020-2-26 17:02:08 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-2-26 14:49
感谢回复!请问,可以通过设置NELECT来进行计算带电体系吗?比较纠结的是,怎么让vasp知道我加进去的是离 ...

表面的话VASP没办法处理带电荷的情况。也许可以通过加反电荷的离子避免这种问题。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 13:46:35 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-2-26 17:02
表面的话VASP没办法处理带电荷的情况。也许可以通过加反电荷的离子避免这种问题。

嗯嗯,目前我也是这么想的,比如加进去一个Na+ 或者 H+,但是就怕vasp识别为H原子和Na原子

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发表于 Post on 2020-2-29 13:51:59 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-2-29 13:46
嗯嗯,目前我也是这么想的,比如加进去一个Na+ 或者 H+,但是就怕vasp识别为H原子和Na原子

量子化学里面电荷是离域的,该有电荷转移的情况合适的方法应该算出来就会表现出电荷转移。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-2 08:50:10 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-2-29 13:51
量子化学里面电荷是离域的,该有电荷转移的情况合适的方法应该算出来就会表现出电荷转移。

好的,谢谢大佬!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-2 09:51:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-25 18:19
Gaussian或者ORCA,用簇模型研究(截出片段,边界饱和),结合Multiwfn各种各样的分析都能做。此文就是很 ...

老师我又来请教了。我用cp2k算好了Mulliken布居,可以直接通过mulliken的输出来确定它是否为自由基吗?

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发表于 Post on 2020-4-4 05:07:51 | 只看该作者 Only view this author
Flights 发表于 2020-4-2 09:51
老师我又来请教了。我用cp2k算好了Mulliken布居,可以直接通过mulliken的输出来确定它是否为自由基吗?

如果给你了自旋布居,可以拿来判断
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