MoS2晶体建模求指导

liu_tiao

      小弟学过固体物理，但是对晶面、晶向、极性面、非极性面这些理解还是太浅，MoS2在加氢脱硫催化领域模型不会建。切面时，对termination终端原子，coverge覆盖度等基本概念也不明白。建模需要加真空层也不太懂。希望大神们能给点指导，不吝赐教！

卡开发发

霍夫曼那本《固体与表面》还不错，可以看看，你采用那个程序进行建模呢？

lc00

卡开发发 发表于 2015-8-14 14:17
霍夫曼那本《固体与表面》还不错，可以看看，你采用那个程序进行建模呢？

小弟我去借了这本书，书不是太厚。我采用的是medea建模，medea-vasp进行计算。

卡开发发

lc00 发表于 2015-8-14 16:38
小弟我去借了这本书，书不是太厚。我采用的是medea建模，medea-vasp进行计算。

MedaA我不太熟悉，方便的话可以用MS建模导出为cif扔到MedeA下面去跑，其实反而觉得用commad line来的舒服。

lc00

卡开发发 发表于 2015-8-14 16:48
MedaA我不太熟悉，方便的话可以用MS建模导出为cif扔到MedeA下面去跑，其实反而觉得用commad line来的舒服 ...

  建surface的时候，就只有这两个界面，就建好了。

lc00

lc00 发表于 2015-8-14 17:14
建surface的时候，就只有这两个界面，就建好了。

  这个是MoS2建立100表面的过程。希望大神给我指导一下！

卡开发发

我觉得没啥问题啊，不过要做计算的话Gap=10小了点，可以考虑15以上，其他也没什么很特别的问题吧。

lc00

卡开发发 发表于 2015-8-14 17:25
我觉得没啥问题啊，不过要做计算的话Gap=10小了点，可以考虑15以上，其他也没什么很特别的问题吧。

从这个MoS2的建模的过程，调节plane0和plane1时，怎么区分终端原子和覆盖度啊

卡开发发

能不能上下调整plane0和plane1使得plane0和plan1之间的排列不是这样？如果能这样，那么最靠近plane0和plane1的就是与先前不同的终端（如图，PS的技术可能不够好），至于覆盖度，单独的表面不具备这个概念，只有吸附体系才存在这个问题。

starschan

你好  我也想知道这个怎么建模的  求指导

wernea

建表面之前的结构需要先优化吗

lc00

卡开发发 发表于 2015-8-14 22:10
能不能上下调整plane0和plane1使得plane0和plan1之间的排列不是这样？如果能这样，那么最靠近plane0和plane ...

      想再请问一下，在建立4层板层模型，真空层为20的时候，这个模型在Z方向是重复了4次，每一层与每一层之间的距离是真实的晶面间距吗?(每一组晶面都是无数个相互平行的晶面组成，slab model是取的是连续相邻的4个晶面吗？真空层实际上就是model最上端原子与外面格子之间的距离吗，而不是每一层和每一层之间的距离？)。在建立表面模型的时候，是先切面，在建立supercell；还是先建立supercell，在切面呢。在文献中看见了MoS2的表面使用了stripe model（条纹模型），而不是slab model，这个模型感觉出现的比较少，文献也给出了很少的信息。谢谢您了。

卡开发发

1、这种真空层+表面模型的都叫"slab model"，估计你指的“stripe model”也是靠切面造出来的，；
2、格子内部的层与层之间按照意义应当是真实的层间距离；
3、实际上真空层应当是无穷大，只是我们采用一个有限大的层代替之；
4、得这样考虑：程序输入进去只认识原子坐标和晶格参数，先真空再超胞在真空和反过来对于造出来的结构，原子坐标和晶格参数是否会有不同？答案不言自知；
5、stripe model看起来应该是有个“真实”的真空的方向，还有个方向也插入了真空，但估计被认为是条纹的间距，亦即可能得切面加真空两次，一次构造single-layer，一次切出条纹。估计PHYSICAL REVIEW B 67, 085410 (2003)应该有比较详细的信息。