castep与dmol3进行过渡态搜寻的区别求助

战泽天

我在很多帖子上看到说castep并不适合过渡态计算并计算扩散系数，因为castep这个模块不提供频率计算，推荐用DMOL3模块，但是我的体系是周期性体系，可以使用dmol3模块吗？因为我之前看到的都是说dmol3模块适合隔离态分子体系。

卡开发发

1、CASTEP可以计算声子谱，这也就是固体的振动频率，可以通过有限差分或者线性响应算，后者限制诸多。问题不在于频率，而是LST/QST直接找到的不见得就是过渡态，而且效率比较低。
2、DMol3可以使用，但也有一些缺陷：
（1）优化晶格的算法不够好；
（2）频率计算其实只有Gamma点的，所以选取晶格的尺寸需要足够大，但扩散模型而言本身也应该用这样大的晶格，并不是严重问题；
（3）一个不算缺陷的缺陷，程序的认可度问题，我觉得这是偏见。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-10 09:04
1、CASTEP可以计算声子谱，这也就是固体的振动频率，可以通过有限差分或者线性响应算，后者限制诸多。问题 ...

谢谢您的解答，我之前其实是打算用castep计算过渡态，但是的确在论文或者帖子上看到的都是castep计算出来的过渡态并不能确定真的过渡态，才想要改用dmol3模块

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-10 09:04
1、CASTEP可以计算声子谱，这也就是固体的振动频率，可以通过有限差分或者线性响应算，后者限制诸多。问题 ...

谢谢您的解答，我之前其实是打算用castep计算过渡态，但是的确在论文或者帖子上看到的都是castep计算出来的过渡态并不能确定真的过渡态，才想要改用dmol3模块

卡开发发

战泽天 发表于 2019-10-10 10:54
谢谢您的解答，我之前其实是打算用castep计算过渡态，但是的确在论文或者帖子上看到的都是castep计算出来 ...

其实也还有其他办法，比如用ASE调用VASP做NEB，这样一定程度能避免一些问题。

战泽天

卡开发发 发表于 2019-10-10 11:42
其实也还有其他办法，比如用ASE调用VASP做NEB，这样一定程度能避免一些问题。

好的，谢谢卡卡老师