Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

anqingpingle · 发表于 Post on 2017-12-14 10:35:37

各位大师，我用DMol3计算吸附能单体A和B分别进行了构型优化，精度为fine，GGA PBE，use TS method for DFT-D correction，使用了COSMO溶剂模型，AB结构选用退火处理后的能量最小结构进行构型优化，吸附能=AB-A-B>0，请问能吸附能量不应该是减小的吗？哪里错了？

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-12-14 12:00:09

anqingpingle 发表于 2017-12-14 10:35
各位大师，我用DMol3计算吸附能单体A和B分别进行了构型优化，精度为fine，GGA PBE，use TS method for DFT- ...

截断半径要数值上一致。

anqingpingle · 发表于 Post on 2017-12-14 15:13:41

是指orbital cutoff 吗？选用的都是global fine一样的

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-12-14 15:52:31

anqingpingle 发表于 2017-12-14 15:13
是指orbital cutoff 吗？选用的都是global fine一样的

orbital cutoff的长度是否一样？如果同样是fine的话程序只会按照体系中原子截断半径最大的作为体系全局的截断半径，比如计算CH3+H=CH4，如果按照fine做，CH3和CH4的截断半径会按照C算，而H的截断半径会按照H算，这样算出来的结果就不合理，必须对H也强制指定截断半径为C的截断半径的数值才可以。

GSRush · 发表于 Post on 2018-1-5 08:09:22

本帖最后由 GSRush 于 2018-1-6 09:16 编辑

Hello, dear friends!

Anybody has Materials Studio 2017 R2 or 2018? Or maybe code of CASTEP 16 and later?

華華 · 发表于 Post on 2018-1-8 10:04:01

各位前辈，想问一下我用DMol3搜索过渡态时，ts search 之后的结构有几个虚频，其中有一个的振动方向是对的，然后提高精度进行ts optimization，结构一直不收敛，而且结构变化很大，请教一下这是怎么回事呢？谢谢

我乘着风 · 发表于 Post on 2018-1-8 11:45:27

我通过计算得到了两个*.pot_fmt文件，想对这两个文件的静电势做个加法，然后把结果导入到模型中进行分析，加法可以通过origin做，现在想请问大家：如何把这个文件导入到模型里进行显示分析？@jiewei

caijingtao1993 · 发表于 Post on 2018-1-11 08:41:27

librakitty 发表于 2015-9-15 09:40
老师，您好，我需要利用CONNOLLY model计算一个晶胞中某个晶面的溶剂可及面积面积以及盒子中该晶面的总表面 ...

您好，您现在会用connolly计算溶剂可及面积吗？能传授否

librakitty · 发表于 Post on 2018-1-11 12:59:46

caijingtao1993 发表于 2018-1-11 08:41
您好，您现在会用connolly计算溶剂可及面积吗？能传授否

请说问题

caijingtao1993 · 发表于 Post on 2018-1-11 21:51:51

librakitty 发表于 2018-1-11 12:59
请说问题

您好，我看到计算Aacc，也就是溶剂可及表面积，这个采用tools中的atom volume&syrface的connolly surface来计算吗？？我用这个task来计算对否，关于此则connolly 半径设置为0吗？？还是用solvent task还是both task？？这些参数是怎么设置的？？我也是计算溶剂层对晶面的可及面积。
还有，大神，我看到您的帖子，Abox的面积直接a*b*sina来计算的？也就是盒子底面积？期待您的回复，谢谢

caijingtao1993 · 发表于 Post on 2018-1-11 21:53:44

librakitty 发表于 2018-1-11 12:59
请说问题

我觉得connolly半径取0，然后就是vdw面积对否？

librakitty · 发表于 Post on 2018-1-12 14:08:49

caijingtao1993 发表于 2018-1-11 21:53
我觉得connolly半径取0，然后就是vdw面积对否？

那个我对溶剂做了等体积处理成球体，然后算出半径，代入进行的计算，计算半径的处理方法可以用Multiwfn实现，有相关的博文介绍。

过于喧嚣的孤独 · 发表于 Post on 2018-1-20 17:40:51

各位前辈，小白刚接触MS，在做创腾PDF里面一个“气体在聚合物中扩散的测量”时候工具条和modules里找不到discover按钮（我用的是2017的）网上搜的时候说是把discover的功能都分化了，想问下它里面用的non-band,vdW&Coulomb, Summation method都归在哪块了？谢谢

evacolin · 发表于 Post on 2018-1-23 09:34:01

老师您好，请问，我用MS计算binding energy时，用的MS8.0，用的图中所示的参数，只是改变我的cluster到乙烯分子之间在y轴的距离，却出现很多异常点（与下面的interaction energy不同），这是什么问题呢？谢谢您！@jiewei

卡开发发 · 发表于 Post on 2018-1-23 10:17:37

evacolin 发表于 2018-1-23 09:34
老师您好，请问，我用MS计算binding energy时，用的MS8.0，用的图中所示的参数，只是改变我的cluster到乙烯 ...

不好说，有如下几种可能性：
1、拉伸过程中个别点因数值不稳定被优化到其他多重度的情况，可以关掉自旋极化看看（如果你的体系本身拉伸过程能一直确定是闭壳层的话）。
2、截断半径不足，导致拉伸过程中每有一对原子超出截断半径和引起能量跳变，但我认为不是这个因素，否则拉伸过程能量是全部往上跳的。
3、积分精度或多极展开不足，导致拉伸过程中势能面毛糙，可以把多极展开调到16，积分精度可以手工修改input为xfine。
4、基组先天缺陷，可以换赝势基组或基组版本。

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