新手刚开始做固体表面吸附，应该怎么样入手呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-8-26 14:58:29

本帖最后由卡开发发于 2015-8-26 15:00 编辑

lc00 发表于 2015-8-26 09:53
小弟才疏学浅，在处理分子（噻吩，苯并噻吩等）在MoS2等催化剂表面吸附时，建立了slab模型进行模拟 ...

额，我也是才疏学浅。。。。

且先不说这种模型的复杂程度，就一般的金属和半导体而言，不同的晶向的表面、不同原子终端、不同的覆盖度、吸附的构型及反应路径，这就已经很复杂了。如果涉及到两个物相，就更加复杂。很多复杂的情况，实验条件如果不能纯化，对于理论研究是很难进行的，如果非要做的话只能做如下考虑：

如果催化剂尺寸比原子尺度大得多，slab作为近似是个好的想法，但要涉及到载体因素的话难度比较高，要是实验上给出载体种类对反应影响不大就可略掉这个问题；
如果催化剂尺寸很小，不考虑与载体的接触，采用cluster模型Gaussian效率比VASP高，如果考虑催化剂作为cluster负载在载体为slab，建议采用VASP。

目前也见过不少组有上述做法，作为模型做定性研究我觉得还说得过去，如果能够结合实验揭示一些深层次的普遍事实，那还是很有意义的。这种建模级别的困难在第一性原理模拟中也是屡见不鲜了，比如一些无序体系等。

鹃子 · 发表于 Post on 2015-8-26 20:36:48

lc00 发表于 2015-8-26 17:58
是的，加氢脱硫，你也是？

我不做不过我们课题组做实验的主要做加氢脱硫

鹃子 · 发表于 Post on 2015-8-27 08:36:28

lc00 发表于 2015-8-26 20:55
你是哪个大学的，什么专业的呢？

中国石油大学（华东）化工

jiewei · 发表于 Post on 2015-8-27 09:23:38

鹃子发表于 2015-8-27 08:36
中国石油大学（华东）化工

美女，阿能要个手机号啊？

ruanyang · 发表于 Post on 2015-8-27 09:26:18

jiewei 发表于 2015-8-27 09:23
美女，阿能要个手机号啊？

你可是有家室的

鹃子 · 发表于 Post on 2015-8-27 15:08:13

jiewei 发表于 2015-8-27 09:23
美女，阿能要个手机号啊？

师兄别闹你看群里我都跟着大家喊你老师不是

鹃子 · 发表于 Post on 2015-8-27 15:08:32

ruanyang 发表于 2015-8-27 09:26
你可是有家室的

哈哈树老师又调皮了

jiewei · 发表于 Post on 2015-8-27 16:37:54

鹃子发表于 2015-8-27 15:08
师兄别闹你看群里我都跟着大家喊你老师不是

我是顺着上面那位问的。接下来不就是问你要个手机号什么的联系方式？

鹃子 · 发表于 Post on 2015-8-27 21:52:51

lc00 发表于 2015-8-27 17:20
这是一个很好的精华帖，版主可以把后面这几条没用的帖子删了。。。

哈哈 jiewei师兄是熟人没事啦

lc00 · 发表于 Post on 2015-9-4 21:06:42

卡开发发发表于 2015-8-22 18:02
以下问题涉及到一些从实际到模型上的概念，是我自己的一些总结，不妨参考一下。

1、这个问题可以这么看 ...

怎么知道，优化后的晶胞是合理的呢？（因为切面，和吸附都是在优化好的晶胞基础上面做的）。是与实验值进行比较吗？在那些实验表征方法中可以得到结构信息呢。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-9-4 22:30:15

lc00 发表于 2015-9-4 21:06
怎么知道，优化后的晶胞是合理的呢？（因为切面，和吸附都是在优化好的晶胞基础上面做的）。是与实验 ...

随着收敛精度增加晶格常数和能量不该有太大的跳跃，力和压力很小，晶格常数也得喝实验值接近。测试方法应该专门找做实验的专家了解一下。

丁越 · 发表于 Post on 2021-8-3 22:36:03

卡开发发发表于 2015-7-13 04:18
大体来看涉及到如下步骤：
(1)要先优化固体（可以采用程序自带的变胞优化或是拟合晶体状态方程），得到该 ...

请教下卡开发发老师，我在Googlegroup 上搜了一圈也没有找到合适的有关cp2k对于2D材料晶胞优化的解答。您看下我这样考虑是否正确：周期性设置为XYZ，然后固定Z方向的晶胞长度（之前我还考虑着体系是二维的，况且cp2k也支持二维周期性计算，于是将周期性设置为XY，固定Z，结果报应力张量的错误）。下面的算例我就是这么设置的，您看下这样对么？

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-8-4 08:46:37

丁越发表于 2021-8-3 22:36
请教下卡开发发老师，我在Googlegroup 上搜了一圈也没有找到合适的有关cp2k对于2D材料晶胞优化的解答。您 ...

&POISSON这里也都换成xy试试呢？

丁越 · 发表于 Post on 2021-8-4 09:08:26

卡开发发发表于 2021-8-4 08:46
&POISSON这里也都换成xy试试呢？

老师，我之前是这样设置的（&PERIODIC XY，&POSSION XY, PSOLVER ANALYTIC）。但是第一步SCF WAVEFUNCTION OPTIMAZATION 结束后就会报streee tensor was not test for 2D system的错误，计算终止。
然而，我用上面我设置的inp文件，计算完没有任何问题，真空层厚度方向Z长度也是固定的，虽然这样是算完了，但是我不确定这样的设置是否正确。老师您看我的输出文件。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-8-4 09:23:35

丁越发表于 2021-8-4 09:08
老师，我之前是这样设置的（&PERIODIC XY，&POSSION XY, PSOLVER ANALYTIC）。但是第一步SCF WAVEFUNCTI ...

构型优化能收敛问题应该不大。

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