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[Amber] 关于MD density的理解疑惑

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Level 4 (黑子)

我在过amber tutorials  http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial0/index.htm的时候
看到计算结果关于MD density的描述During the 20-80ps, the density equilibrates to approximately 1 g/cm^3. This corresponds to a change in periodic box dimensions as the density of the system converges.
教程的density最终趋近于1g/cm3 我个人对这个概念不是很理解
1,它的物理意义是什么?
2,是不是它稳定就代表体系收敛
3,我用GAFF算的一个28个单元的类肽,MD density在我的计算时间内从60涨到80,我想让他收敛除了加时间还有什么办法吗


提前谢谢各位老师解答了!

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Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2019-8-7 18:01:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-8-7 18:06 编辑

1 因为水盒子里有一个多肽 所以整体密度接近水
2 不代表
3 没有 虽然可以换一些barostat比如bredenson或调小barostat起作用的间隔来加速收敛 但要做的太花哨会被审稿人质疑

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