关于ClayFF力场中参数取值的疑问

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-26 00:28:03

本帖最后由 KnightWE 于 2019-7-26 00:30 编辑

ClayFF力场常用于黏土及水分子/阴阳离子的模拟，最早于2004年发布于JPCB（https://doi.org/10.1021/jp0363287），引用千次有余。但网上关于该力场的讨论似乎较少，特别是其在GROMACS中的应用。楼主初学MD，试图基于论文中给出的参数编写GROMACS适用的力场文件，但在此过程中发现一些参数取值略奇怪，：

ClayFF力场中，利用简谐振动模型描述羟基OH键的伸缩振动和弯曲振动（见图中右半公式），但将文中Force Constant转为GROMACS中所用单位时，我发现其值与其他力场相差甚大（仅有一半左右），这令我让我感到非常费解。

随后我查到了另一篇应用ClayFF进行计算的文献（doi:10.1016/j.gca.2011.01.026），发现列于SI的力场参数也与原文不符，取值为原文两倍左右（接近常见FF所用参数）。

能否请坛里前辈帮忙看看，正好2倍的差值是我对力场参数的理解在哪里出问题了么？作为一篇被广泛引用的经典论文，小生觉得问题出在自己身上的概率更大些。

望不吝赐教，感谢！

agent99 · 发表于 Post on 2019-7-26 03:40:52

有的力场里面的简谐项的力常数是把胡克定律里的那个1/2乘到里面的，而有的力场不乘

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-26 07:11:45

agent99 发表于 2019-7-26 03:40
有的力场里面的简谐项的力常数是把胡克定律里的那个1/2乘到里面的，而有的力场不乘

有道理啊，感谢！一语惊醒梦中人，想来这个两倍系数的源头应该是在这里了

ruanyang · 发表于 Post on 2019-7-26 21:35:00

可以试试这个力场 https://bionanostructures.com/interface-md/

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-27 10:17:01

本帖最后由 tjuptz 于 2019-7-27 10:34 编辑

ruanyang 发表于 2019-7-26 21:35
可以试试这个力场 https://bionanostructures.com/interface-md/

我看了下这个力场，我的理解是这个力场是和其他力场兼容使用的，且目前仅支持它列出的那些化学物，不包含其他无机物如碳酸盐硝酸盐等。由于主打研究材料，它对MS, LAMMPS, NAMD, and CHARMM支持更好，对GROMACS支持没那么方便的样子。希望用GROMACS研究无机物有更方便的力场使用
注：在培训教材上翻到了这个力场，什么叫温故知新……

阿di达思 · 发表于 Post on 2019-7-27 15:54:24

您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-28 10:33:40

同求

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-28 22:12:29

ruanyang 发表于 2019-7-26 21:35
可以试试这个力场 https://bionanostructures.com/interface-md/

嗯嗯，等我把ClayFF搞懂之后我再去看下。感谢分享

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-28 22:13:17

阿di达思发表于 2019-7-27 15:54
您好，请问您现在是否成功使用过clayff在gromacs进行计算？能否共享一下力场文件。

抱歉，还在尝试中，还存在一些问题。等弄完之后我会上传到github

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-29 16:34:27

KnightWE 发表于 2019-7-28 22:13
抱歉，还在尝试中，还存在一些问题。等弄完之后我会上传到github

您好，我在https://github.com/thomasunderwood/ClayFF/issues/1 上看到了您的提问，请问该力场文件跟原文相比是有问题吗？

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-29 18:47:48

tjuptz 发表于 2019-7-29 16:34
您好，我在https://github.com/thomasunderwood/ClayFF/issues/1 上看到了您的提问，请问该力场文件跟原 ...

作者似乎是根据他自己的体系做了一定的修正（有个0.89倍的系数），总体来说没问题，我给作者发了邮件还没回。

我也是基于他之前的工作在写力场文件，这应该是我找到的唯一公开的比较有价值的参考了

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-29 19:00:20

KnightWE 发表于 2019-7-29 18:47
作者似乎是根据他自己的体系做了一定的修正（有个0.89倍的系数），总体来说没问题，我给作者发了邮件还没 ...

谢谢，期待您的分享~

KnightWE · 发表于 Post on 2019-7-30 02:02:25

tjuptz 发表于 2019-7-29 19:00
谢谢，期待您的分享~

原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的体系补充下就可以了。继续交流哈

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-30 07:09:53

KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...

我说原子类型咋那么少，看着不对劲，我也看看原文去

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-9-18 17:01:06

KnightWE 发表于 2019-7-30 02:02
原作者的力场文件里species没写全（我看了他的毕业论文，因为他的体系不需要所有参数），你按照你需要的 ...

您好，请问可以分享一下原作者的毕业论文吗？

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