求助，想请教各使用MM-pbsa方法计算结合能时PB结果与GB结果很大？并且TS的值也很大？

t11b41 · 发表于 Post on 2019-6-19 10:26:25

输出的能量结果相差-40kcal左右，这个结果合理吗？体系不是很大300多个残基，做的两个蛋白之间的相互作用，界面很大形成的氢键较多。
还有一个问题抽取了20个结构计算体系的TS发现TS在-80kcal左右，这个结果也不常见，之前算出的TS一般-20，-30左右，不知换个结果可信否？

t11b41 · 发表于 Post on 2019-6-19 10:34:20

而且做能量分解时出现了一个现象我也解释不清，分解到残疾后，发现能量贡献较大的都是一些疏水性残基比如Phe，Trp，Leu，这些残基既不能在界面处与相邻残基形成氢键？并且是一些中性残基？那么他们对结合能的贡献从何而来？我计算的方法出错了？

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-19 21:42:50

看看各个残基贡献中的各个成份判断是否结果有意义
算得动MMPBSA就用MMPBSA就完了。两个蛋白质相互作用区域和强度那么显著，有这样的差异也不是很意外的事

t11b41 · 发表于 Post on 2019-6-20 15:40:19

sobereva 发表于 2019-6-19 21:42
看看各个残基贡献中的各个成份判断是否结果有意义
算得动MMPBSA就用MMPBSA就完了。两个蛋白质相互作用区域 ...

谢谢，卢老师！

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