求助gromacs中comb-rule的选择

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-6-17 14:59:11

对于gromacs中的非键范德华相互作用，gromacs中有两种势函数的表达形式，分别对应类型1：c6 c12 和类型2 与类型3： sigma epsilon 老师我想请问这里面的类型是否对应着comb-rule的组合规则？另外，我想请问假如势函数形式如图，我该如何在 2 和 3 中选择comb-rule？谢谢老师了！

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-6-17 15:01:31

类型2是利用算是平均计算sigma 利用几何平均计算 epsilon，类型三是都利用几何平均计算sigma 和 epsilon ，文中没提到用什么计算只有sigma epsilon两个参数的情况下，我该如何抉择呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-17 20:49:34

你截的图里不体现应该用什么comb-rule。如果文章涉及了多种粒子，这是作者理应提及的

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-6-17 21:14:11

sobereva 发表于 2019-6-17 20:49
你截的图里不体现应该用什么comb-rule。如果文章涉及了多种粒子，这是作者理应提及的

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[GROMACS] 求助gromacs中comb-rule的选择

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