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[GROMACS] 使用gromacs计算溶剂化自由能时,在经历npt模拟时,体系跑散

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楼主
按照李老师的微博上讲解的步骤进行的,在只有ILs-PI的体系平衡后的.gro里插入一个C02分子,之后进行以下步骤,在进行完NVT之后,NPT会出现体系跑散的情况。

  • 最速下降能量最小化
  • NVT平衡
  • NPT平衡
  • NPT系综的数据收集




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发表于 Post on 2019-6-11 12:38:16 | 只看该作者 Only view this author
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加不是必需的参数,确保NPT过程正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 17:13:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加 ...


谢谢sob老师 ,之前在跑过npt平衡在使用md算法时过程是正常的,但是改成sd之后就会跑散掉

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 10:12:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加 ...

sob老师  在跑最正常的npt时 没有遇到这样的问题  在计算溶剂化自由能的时候 将压力常数修改到了0.2还是会散掉

在计算自由能的时候体系散掉,目前找到的原因是integrator  = sd 在使用 md 时体系没有散掉

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发表于 Post on 2019-6-12 19:58:59 | 只看该作者 Only view this author
you837554 发表于 2019-6-12 10:12
sob老师  在跑最正常的npt时 没有遇到这样的问题  在计算溶剂化自由能的时候 将压力常数修改到了0.2还是 ...

我不晓得你用sd有什么意义,这种郎之万动力学如今没什么实际意义
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