求助：sortcar.py脚本报错

飞翔的猪

大家好，在学习Learn by the hard way中https://www.bigbrosci.com/2018/10/07/ex59/谈到使用sortcar.py脚本进行原子分层，但是发现：使用之后POSCAR只剩余一行原子，我的python2.7.12。具体情况如下，想请教大家如何解决？

1、运行后系统报错：
Traceback (most recent call last):
  File "/bin/sortcar.py", line 61, in <module>
    for j in get_elements(i):
  File "/bin/sortcar.py", line 36, in get_elements
    coord_list = lines[j+8].strip().split()[0:3]
IndexError: list index out of range

2、Cu111-4layer的POSCAR
Cu\(1\1\1)
1.0
        2.5559999943         0.0000000000         0.0000000000
       -1.2779999971         2.2135609271         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        21.2607994080
   Cu
    4
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
    -0.000000000        -0.000000000         0.294479990
     0.666670035         0.333329996         0.196320001
     0.333329991         0.666670009         0.098160000

3、使用脚本后的POSCAR
Cu\(1\1\1)
1.0
        2.5559999943         0.0000000000         0.0000000000
       -1.2779999971         2.2135609271         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        21.2607994080
   Cu
    4
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000

4、脚本如下：
#!/usr/bin/env python
from collections import defaultdict
import numpy as np
import sys

in_file = sys.argv[1]

### READ input file ###
def read_inputcar(in_file):
    f = open(in_file, 'r')
    lines = f.readlines()
    f.close()
    ele_name  = lines[5].strip().split()
    ele_num = [int(i) for i in lines[6].strip().split()]
    dict_contcar =  {ele_name:ele_num for i in range(0, len(ele_name))}
    dict_contcar2 = defaultdict(list)
    for element in ele_name:
        indice  = ele_name.index(element)
        n_start = sum(ele_num for i in range(0, indice+1)) - dict_contcar.get(element) +1
        n_end = sum(ele_num for i in range(0, indice+1)) +1
        dict_contcar2[element].append(range(n_start, n_end))
    return lines, ele_name, ele_num, dict_contcar2, dict_contcar

def get_elements(ele):
    lines, ele_name, ele_num, dict_contcar2, dict_contar = read_inputcar(in_file)
    coord_total = []
    my_list = []
    my_dict = {}
    for j in dict_contcar2.get(ele)[0]:
        coord_list = lines[j+8].strip().split()[0:3]
        tf_list = lines[j+8].strip().split()[3:]
        my_list.append(coord_list)
        dict_key = '-'.join(coord_list)
        my_dict[dict_key] = tf_list
      
    data = np.array(my_list)
    data=data[np.argsort(data[:,2])]

    for k in data:
         coord = '  '.join(k)
         tf = '  '.join(my_dict.get('-'.join(k)))
         coord_total.append(coord + '  ' + tf )
    return coord_total

## Generate the New POSCAR file

def Get_and_Save_lines(file_name, start_line, end_line):
    f = open(file_name)
    lines =  f.readlines()
    for line in lines[int(start_line):int(end_line)]:
        file_out.write(line.rstrip()+'\n')

out_name = in_file + '_sorted'
file_out = open(out_name, 'w')
Get_and_Save_lines(in_file, 0, 9)

ele_name = read_inputcar(in_file)[1]
dict_contcar = read_inputcar(in_file)[-1]

for i in ele_name:
    if dict_contcar.get(i) > 1 :
        file_out.write('\n'.join(get_elements(i)))
    else:
        file_out.write('\n %s \n' %('  '.join(get_elements(i))))

卡开发发

一、测试了一下（python3.6.4）：
1、加入Selective的行。
2、注释48行
3、49行改为coord_total.append(coord + '  ')
这样或许可行。
二、如果只是对原子按坐标进行固定而不进行排序，可以试试这个脚本：

1. """
   
2. 作者：卡开发发
   
3. 日期：2019-5-22
   
4. 使用方法: atom_frozen.py POSCAR condition
   
5. condition为原子被固定所满足的条件（python风格），如："x<0.5",
   
6. "0<x<0.3" "x>0.2 or 0<z<0.8"等都为合法表示
   
7. """
   
8. 
   
9. import sys
   
10. import re
    
11. 
    
12. try:
    
13.         #读取POSCAR文件内容
    
14.         f=open(sys.argv[1])
    
15.         info_=f.read()
    
16.         f.close()
    
17.         """
    
18.         POSCAR解析：
    
19.         第一行为POSCAR注释；
    
20.         第二行为晶格缩放因子；
    
21.         第三至五行为3x3晶格矢量；
    
22.         第六至第九行依次可能为元素名称（可选）、原子数目、
    
23.         Selective dynamics选项（可选)、坐标类型（分数坐标或笛卡尔坐标）之后
    
24.         为原子坐标数据。
    
25. 
    
26.         思路：
    
27.         原子坐标部分的格式为“回车、空格（0或多个）、数据、空格（1或多个）、
    
28.         数据、空格（1或多个）、数据、回车”。使用正则表达式按照此格式查找时，
    
29.         元素名称和原子数目这两行可能会对原子坐标读取产生干扰，因此先挑出第
    
30.         八行之后的文本再用正则表达式按上述格式进行查找较为可行。
    
31.         然后以原子坐标部分的第一行将文本进行分割保留前半部分，这部分文本内
    
32.         容在构造新的POSCAR时不变。
    
33.         再将原子坐标部分的文本逐行分割数据并转换为float型。
    
34.         """
    
35.         #按回车分割7次
    
36.         info=info_.split('\n',7)[-1]
    
37.         #按照格式进行查找
    
38.         xyz_=re.findall('\n*\s*(\S+\s+\S+\s+\S+)\n',info)
    
39.         #按照原子坐标部分第一行分割
    
40.         head=info_.split(xyz_[0])[0].strip()+'\n'
    
41.         #分割圆子坐标并转换为float型
    
42.         xyz=[[float(r) for r in r_.split()] for r_ in xyz_]
    
43. except:
    
44.         exit('POSCAR error!')
    
45. 
    
46. try:
    
47.         #xyz_用来储存固定原子后的原子坐标文本
    
48.         xyz_=''
    
49.         """
    
50.         思路：
    
51.         输入的条件以文本形式保存，将文本转换为python指令并通过exec执行，
    
52.         其中文本x、y、z替换成某一原子坐标r中的r[0]、r[1]、r[2]。当r满足
    
53.         给定条件时cond为True，flag为'F F F'，原子被固定；反之为False，flag为
    
54.         'T T T'，原子可弛豫。
    
55.         """
    
56.         #将条件改写成python表达式
    
57.         cond_='cond=('+sys.argv[2]+')'
    
58.         #替换x、y、z为r的分量
    
59.         if 'x' in cond_:
    
60.                 cond_=cond_.replace('x','r[0]')
    
61.         if 'y' in cond_:
    
62.                 cond_=cond_.replace('y','r[1]')
    
63.         if 'z' in cond_:
    
64.                 cond_=cond_.replace('z','r[2]')
    
65.         for r in xyz:
    
66.                 #执行上述表达式
    
67.                 exec(cond_)
    
68.                 if cond:
    
69.                         flag='F   F   F'
    
70.                 else:
    
71.                         flag='T   T   T'
    
72.                 #以坐标xyz flag格式保存
    
73.                 r_='%16.9f    %16.9f    %16.9f    %s\n'%(r[0],r[1],r[2],flag)
    
74.                 xyz_+=r_
    
75. except:
    
76.         exit('Conditions error')
    
77. 
    
78. #将修改后的内容写入到POSCAR_frozen中
    
79. fname=sys.argv[1]+'_fronzen'
    
80. f=open(fname,'w+')
    
81. f.write(head)
    
82. f.write(xyz_)
    
83. f.close()
    
84. print('%s has been created!'%fname)
    

复制代码

飞翔的猪

卡开发发 发表于 2019-5-22 09:57
一、测试了一下（python3.6.4）：
1、加入Selective的行。
2、注释48行

非常感谢您的回复   还提供了自写脚本