自己编译的vasp5.3.5版本运行效率特别低，请大家帮忙看看是什么问题。

xylsm

去年按照论坛里的方法（http://bbs.keinsci.com/thread-4267-1-1.html），外加自己找了很多教程相结合，编译成功了vasp5.3.5，一直没怎么用。最近想要开始做一些计算看了一些教程，发现自己编译的vasp运行效率特别低。测试了一个简单算例，用同样的输入文件，调用同样核心数，用 $ grep LOOP OUTCAR 命令查看电子步时间，发现自己编译的的vasp每步耗时居然有500多秒，而用别人服务器编译的vasp测试只要2秒左右……如图（左边是稳定服务器的情况，右边是别人的）:
  

如果是编译问题，有点想要卸载掉这个版本然后重新编译5.4.4版本，安装sob老师给出的最新的方法。不过我还不太清楚如果想要彻底卸载要怎么做，也希望老师们可以指导一下。

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当时编译5.3.5时，为了防止自己忘记具体安装过程，写了一个编译的记录在这里，其实有些步骤自己也不懂为什么，麻烦大家看看可能是什么问题引起的效率低：

VASP5.3.5+VTST

一CentOS 7

以下软件需要自行单独安装

yuminstall gcc-c++

root身份安装）

. 安装PS：自定义安装，只需安装其中的intelcomposer一项）

http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m

./install.sh （以3.ENTER

accept
5. Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录 （具体内容可能有出入，lic.lic）

overwrite yes。/home/你的用户名）打开

8.source ~/.bashrc

（以后若出现ifort，source .bashrc一下就好了）

which ifort显示路径. 安装1. 在网上openmpi-1.6.5.tar.gz

3. cd 目录/)ifort FC=(/完整路径(如果显示)

which ifort 命令显示目录，再)

6.在openmpi.sh ，内容如下，目录自改root身份执行

exportPATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH

exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

exportMANPATH=/usr/local/openmpi/share/man:$MANPATH

然后在home目录.bashrc插入（当前用户身份）

source /usr/local/openmpi/openmpi.sh

最后source ~/.bashrc

Openmpi是否安装成功。

1) 验证:which mpirun, mpic++, mpif77, mpif90等，应显示目录等。

2) 测试: cd 解压目录/examples

make

mpirun -np 2 hello_c （2为双核）

应出现：

Hello, world, I am 0of 2

Hello, world, I am 1of 2

四fftw

fftw，相应的更改)
1.下载：2.解压

4. ./configure --prefix /usr/local/fftw --enable-mpi

（--enable-mpi，否则在安装好的VASP所必须的5.make
6. sudo make install

7.在.bashrc中加入如下行后，source~/.bashrc

exportPATH=/usr/local/fftw/bin:$PATH

exportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH

      

（此部分可能不需要也可以成功）

8.把初始下载文件夹fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3文件夹下.

五vasp 5.3.5
（重要：每次修改了5.3或者makefile.linux_ifc_P4，然后进行重新安装；fftw3.f）

2.修改makefile.linux_ifc_P4文件

3.cd 主目录4.cd vasp.5.lib目录

libdmy.a，文件大小为PS：编译过程后面可能会显示libdmy.a文件即可）

7.修改makefile.linux_ifc_P4文件lib库路径，,具体目录自行修改 详细修改见附件里的VTST, 在8.把VASP.5.3文件夹下VTST.

1) 在VTST官网上下载vtstcode以及vtstscripts文件夹

（http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html）

2) 将vtstcode以及vtstscripts（可以不用拷贝）文件下的所有文件，全部复制到vasp5.3文件夹下，覆盖。

（建议用cp -r 命令）

3) 更改main.F文件

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR,&

LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

改为

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR,&

TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

4) 在makefile.linux_ifc_P4文件中，最后的souce,部分，在chain.o之前添加

bfgs.odynmat.o  instanton.o  lbfgs.o sd.o   cg.odimer.o bbm.o \

fire.olanczos.o neb.o  qm.o opt.o

(附件里我已添加)

, source ~/.bashrc

12.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile

10分钟左右，成功应生成名为)

14. 将vasp可执行文件拷入/usr/bin/目录下（root身份）

六1. 测试文件：2.VTST编译情况查看

在上述运算完成文件夹中，vtstscripts

附件：.bashrc文件最终状态

希望各位老师能够指导一下，先谢谢了！

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20190529更新

我把之前安装的编译器还有openmpi全部删掉了，也把5.3.5版本卸载，安装sob老师的教程重新编译5.4.4的版本，用同一个体系进行测试，现在的速度很快，结果如图。可能之前就是因为计算机软件和硬件性能没有很好的匹配。感谢大家！

飞翔的猪

我是自己电脑装的vasp5.4.4，运算bulk模型的时候大概几分钟就可以算好了，但是涉及slab体系运算的时候，90多个原子的时候，每步耗时就到200s以上，我觉得可能跟

电脑的配置、INCAR写法等方面相关，应该影响因素很多吧，出现相同的情况，仅交流一下

xylsm

飞翔的猪 发表于 2019-5-19 21:34
我是自己电脑装的vasp5.4.4，运算bulk模型的时候大概几分钟就可以算好了，但是涉及slab体系运算的时候，90 ...

我是按照刘老师的视频的theta-Al2O3计算例子做的练习，用它的原胞，总共只有10个原子，而且算的是单点。我自己的服务器是去年买的，2个cpu（Intel(R) Xeon(R) Gold 6138 CPU @ 2.00GHz），总共40个物理核心，内存196G，配置应该是比我测试的那个师兄的服务器高的，但是就是慢。它那里瞬间就算完了，我这边跑了应该至少有十分钟 那个师兄的服务器2个cpu（Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2660 v2 @ 2.20GHz），总共20个物理核心，内存32G，所以感觉可能还是vasp编译或者mpirun这个并行计算编译的问题

akakcolin

你应该用较新的intel的mpi 2013 的太老了吧，至少2015以上的吧 fftw 也用intel/mkl库里的

akakcolin

用vasp544版本， 我自己的案例曾测过速度 同样的体系，vasp544比535快15%

alonewolfyang

我是按照卢老师最简单编译方法编译的，测试后没啥问题，你要是觉得自己编译有问题，请严格按照这里的方法重新编译，再看看效果如何(PS:一次就编译成功，在虚拟机里面)，http://bbs.keinsci.com/thread-11 ... etag=s_pctim_aiomsg

abin

你全程在使用GNU的编译器操作；
有安装Intel编译器做什么？ 只用intel MKL不就行了？

要不你把所有的编译器都修改为Intel的？ 不采用gnu的版本。

要么就是用新版的GNU编译器，编译用到的所有版本。

其实centOS就内置了采用GNU编译器编译好的全部东西，直接用不就得了。

不反对自己编译，但是不要乱编译，尤其是不要编译器混用。

xylsm

akakcolin 发表于 2019-5-20 10:47
用vasp544版本， 我自己的案例曾测过速度 同样的体系，vasp544比535快15%

差别这么大呀！而且我也搜了一下，好像是说Intel MPI 比 openmpi 的效率高，现在有点想把之前编译的全部卸载掉，然后重新编译5.4.4版本。不知道是不是linux下只要把安装的文件夹删除掉就可以？

zjxitcc

xylsm 发表于 2019-5-20 11:08
差别这么大呀！而且我也搜了一下，好像是说Intel MPI 比 openmpi 的效率高，现在有点想把之前编译的全部 ...

一些简单的软件、在不提供uninstall功能时、装在个人目录下的话，直接移除目录即可。复杂的（像intel编译器）、提供uninstall的、用root安装导致一部分装在/usr/bin里的，这些情况不能直接移除安装目录，需要按说明卸载。

xylsm

zjxitcc 发表于 2019-5-20 13:46
一些简单的软件、在不提供uninstall功能时、装在个人目录下的话，直接移除目录即可。复杂的（像intel编译 ...

好的，太谢谢了，我先试着卸载再重新编译一下。有问题再和您请教！

xylsm

abin 发表于 2019-5-20 10:58
你全程在使用GNU的编译器操作；
有安装Intel编译器做什么？ 只用intel MKL不就行了？

谢谢！因为自己对这个编译理解不是很深，当时就参考了好几个教程，可能就混了。现在安装sob老师的教程重新编译了544版本，很好用！

Siling_S

想请问下我现在需要重新编译vasp把VTST加进去，应该怎么删除现有的VASP呢……

ghifi37

把build目录先对应版本删掉就可以重新编了