求助 gromacs进行nvt处理时出错

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-4-16 16:14:03

请教一下老师，我在用gromacs进行nvt处理时出现Fatal error:Molecule type 'CH3' contains no atoms，而且我也生成了索引文件，这个问题该怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-16 17:54:46

top定义不合理，诸如
[ moleculetype ]
;name          nrexcl
CH3             3
BMI             3
RES             3
明显是错的。moleculetype下面只能定义一个名字，怎么能写三个

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-4-16 20:48:54

sobereva 发表于 2019-4-16 17:54
top定义不合理，诸如
[ moleculetype ]
;name nrexcl

谢谢老师的指导，可是老师我把[ moleculetype ]只留了一个CH3 3，最下面的[ molecules ]没变，分子顺序都是按照结构文件写的最后又出来了ERROR 1 [file mixbox_GMX.top, line 6534]: No such moleculetype BMI这样的错误提示。是需要提前定义吗？还是别的原因，

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-17 00:40:32

晓滨MD 发表于 2019-4-16 20:48
谢谢老师的指导，可是老师我把[ moleculetype ]只留了一个CH3 3，最下面的[ molecules ]没变，分子 ...

你根本都没定义叫BMI的分子

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-4-17 07:58:24

sobereva 发表于 2019-4-17 00:40
你根本都没定义叫BMI的分子

谢谢老师，我用到的分子、拓扑和结构文件都是用antechamber和acpype生成的，怎么样把这几个分子定义。麻烦老师再给知道一下

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-17 13:11:10

晓滨MD 发表于 2019-4-17 07:58
谢谢老师，我用到的分子、拓扑和结构文件都是用antechamber和acpype生成的，怎么样把这几个分子定义。麻 ...

[moleculetype]字段定义分子信息，一开始定义分子名

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