Rosetta源代码资源(百度云,附安装教程)

kunkun

不定期更新Rosetta源代码下载地址，方便小伙伴们下载最新源码。

Rosetta

2019.07.60616
链接:https://pan.baidu.com/s/1sIjsDa40Gg0AFdOMLTZ3Qw  密码:hzsh

2019.12.60667
链接:https://pan.baidu.com/s/1SS23rBId7IOdblq35LnQ6A 密码:1pum

2019.14.60699
链接:https://pan.baidu.com/s/1nSn8fhQ8BPrFnBosVQS3fQ  密码:469q


PyRosetta

Linux-Release-215
链接:https://pan.baidu.com/s/1__JaILbbpkPWKoJN3uroYw  密码:f7g5

Mac-Release-217
链接:https://pan.baidu.com/s/1zFHQz8qYTrbW8qQCrSiCTQ 密码:oed4


本分享仅供学术和非盈利组织学习使用，下载后请24小时内删除，不得用于商业用途。

商业版Rosetta已有授权，商业活动使用者请自行申请。

kunkun

Rosetta的安装

最新的Rosetta安装依赖OPENMPI以及BOOST.

1.BOOST与其他开发环境

yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2
2. 编译器的选择

使用GCC编译器

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta，但是无法自己构建PyRosetta，只能够安装Release版本的PyRosetta

sudo yum install centos-release-scl
sudo yum install devtoolset-8
scl enable devtoolset-8 zsh

使用Clang编译器
需要版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。

yum install epel-release
yum install clang clang-devel clang-analyzer

3.OPENMPI的编译与安装

GCC编译环境:
yum install openmpi openmpi-devel -y
echo "export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin/:${PATH}" >> ~/.zshrc
Clang编译环境:

#自行编译的方法:clang.并创建软连接。
cd openmpi-3.1.0/
./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clang
make -j 40
make install
ln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang
运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。

4.Rosetta的编译与安装
环境变量配置：
#Rosetta
export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_201x.xx.xxxxxx_bundle
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用40个核编译为例:

cd $ROSETTA/main/source/
# 使用gcc编译:
./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi #gcc

# 使用clang编译:
export PATH=/usr/local/openmpi_clang/bin:${PATH} # 暂时输出mpicc_clang
./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi cxx=clang cxx_ver=3.4


测试运行
antibody.mpi.linuxgccrelease # gcc
antibody.mpi.linuxclangrelease # clang



5. PyRosetta的安装编译

5.1 Release包编译

一般不会出错，简单方便，而且更新的速度更快。

下载地址:

http://www.pyrosetta.org/dow

cd /path/PyRosetta4.Release.python27.linux.release-215/setup
python setup.py install
Username: levinthal

Password: paradox

5.2 源代码编译

首先你要使用Clang-4.3.2编译好的Rosetta_bundel
Clang-4.3.2
# 必须全部安装!
yum install libstdc++-devel python-devel
conda install python-blosc

# 安装ninja
git clone git://github.com/ninja-build/ninja.git && cd ninja
./configure.py --bootstrap
cp ./ninja /usr/local/bin

# 安装cmake
wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.14.0/cmake-3.14.0.tar.gz
tar zxvf cmake-3.14.0.tar.gz
cd cmake-3.14.0
./bootstrap
make -j 40
make install
Building:

--serialization 编译串行的PyRosetta
--multi-threaded 编译并行的PyRosetta
# Build pyrosetta-bindings
cd $ROSETTA/main/source/src/python/PyRosetta

# 修复xy liblzma.so.5  错误:
# 0xz: /lib64/liblzma.so.5: version `XZ_5.2' not found (required by xz)
rm -rf /lib64/liblzma.so.5
ln -s /root/anaconda2/lib/liblzma.so.5.2.4  /lib64/liblzma.so.5

# 系统自带anaconda编译时不需要指定python lib位置:
python build.py -j 30 --create-package /mnt/sdd/software/pyrosetta_serialization --serialization --compiler clang

cd /mnt/sdd/software/pyrosetta_serialization/setup
python setup.py install

# anaconda虚拟环境编译时需要指定python3 lib的位置: 如下
python build.py -j 30 --create-package /mnt/sdd/software/pyrosetta_serialization3 --serialization --compiler clang --python-lib  /root/anaconda2/envs/python3/lib/python3.6

cd /mnt/sdd/software/pyrosetta_serialization3/setup
python setup.py install
注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。

ene

多谢楼主，顺便请问一下，Rosetta的同源模建和Modeller相比有什么优势吗？

kunkun

ene 发表于 2019-4-8 19:06
多谢楼主，顺便请问一下，Rosetta的同源模建和Modeller相比有什么优势吗？

Modeller我没怎么深入研究，就我的过时的看法而言，Rosetta的打分函数比Modeller的更准确一些，自定义空间限制也比较简单，就Antibody的同源建模来说，肯定是完爆Modeller。其他比较小的多肽用Fragment-based MC也能有一定的预测能力。而Modeller比较依赖于同源序列比对和结构模板，当你的模板同源性还不错的时候二者都可以试试。

ene

kunkun 发表于 2019-4-9 11:03
Modeller我没怎么深入研究，就我的过时的看法而言，Rosetta的打分函数比Modeller的更准确一些，自定义空 ...

原来如此，非常感谢

lonemen

太赞了，非常感谢！

greatzdk

最近有更新吗？

bhwl12

多谢楼主！

CHC

多谢楼主