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[GROMACS] 求助gromacs中压缩系数

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我想请教老师,手册中对于compressibility的介绍 只有处于一个标准大气压下水的压缩系数,我想请问 压缩系数影响的是什么?另外我想知道其他聚合物的压缩系数应该在哪里找?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-3-26 14:46:13 | 只看该作者 Only view this author
这个问题我之前有问过。在GROMACS计算过程中这一项很直观的影响到了体系体积的涨落速度,大的压缩系数往往需要减小时间步长否则会Blowing-up。其余的没摸出头绪。至于如何获得值,可以参考其他人的文献的设置。我之前是用实验值自己大概估算的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-26 16:54:22 | 只看该作者 Only view this author
Recycled 发表于 2019-3-26 14:46
这个问题我之前有问过。在GROMACS计算过程中这一项很直观的影响到了体系体积的涨落速度,大的压缩系数往往 ...

感谢您的回复!假如涨落速度受到影响,但是对最终的体积有影响吗?
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发表于 Post on 2019-3-26 17:35:59 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-26 16:54
感谢您的回复!假如涨落速度受到影响,但是对最终的体积有影响吗?

我不清楚,但当时我把这个概念理解为“压缩率”,就是类似于V对P的偏导。如果这么理解应该有,但我很不确定。但应该能够正常运行的话,就没啥问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-26 18:34:08 | 只看该作者 Only view this author
Recycled 发表于 2019-3-26 17:35
我不清楚,但当时我把这个概念理解为“压缩率”,就是类似于V对P的偏导。如果这么理解应该有,但我很不确 ...

谢谢您
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发表于 Post on 2019-3-27 03:56:44 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 08:30:03 | 只看该作者 Only view this author

感谢您的回答!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 10:11:43 | 只看该作者 Only view this author

老师,我有一个问题, 我npt用10ns 平衡体系 看后5ns的体系密度,这时 我体系导出的帧数 最好是多少时最为准确?我之前是100帧求平均,总觉得不够
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发表于 Post on 2019-3-27 10:27:52 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-27 10:11
老师,我有一个问题, 我npt用10ns 平衡体系 看后5ns的体系密度,这时 我体系导出的帧数 最好是多少时最 ...

1000帧够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 15:51:58 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢您!
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发表于 Post on 2019-5-3 21:39:34 | 只看该作者 Only view this author

社长,我想问一下compressibility接近水的的值是指数量级相当吗?挺好奇的,因为我做的环己烷体系,查到的数据是11.2*10-5,接近水的三倍了。

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发表于 Post on 2019-5-4 06:21:29 | 只看该作者 Only view this author
ExZero 发表于 2019-5-3 21:39
社长,我想问一下compressibility接近水的的值是指数量级相当吗?挺好奇的,因为我做的环己烷体系,查到 ...

这不是什么重要的量,不用太关注
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发表于 Post on 2019-5-4 11:55:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-4 06:21
这不是什么重要的量,不用太关注

原来如此,谢谢社长解答

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