计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8074|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[粗粒化/DPD] 求助:Martini力场模拟的能量为何总会有突变?

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

195

eV
积分
198

Level 3 能力者

本帖最后由 sour1993 于 2019-3-19 04:00 编辑

如图,用gromacs计算出Martini力场下蛋白部分残基和小分子之间的作用,总会有瞬间巨大的排斥力,调整步长、温度等依然出现这个问题。而用全原子力场算的时候就不会出现这个问题。请问到底是什么原因导致的?需要如何解决?

微信截图_20190318154803.png (125.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

微信截图_20190318154803.png

Picture1.png (46.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

Picture1.png

equilibration.mdp

816 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-3-19 09:46:01 | 只看该作者 Only view this author
本来这个问题就严重不适合粗粒化力场,否则即便模拟不出问题,描述精度也太糟糕
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1149

帖子

6

威望

6635

eV
积分
7904

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2019-3-21 15:51:45 | 只看该作者 Only view this author
你用switching function了吗?可以改一下cutoff试一试

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 01:33 , Processed in 0.249880 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list