建立supercell时部分原子重叠

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2019-3-6 09:22:05

为了比较单链分子和多链分子的分子动力学，在模拟分子动力学之前，用material studio生成supercell，设定晶胞边长为30A，晶胞内分子个数为为3*3*3。由于单链分子较长，导致分子部分原子重叠，生成多个分子的pdb文件后，部分原子被覆盖，在pdb文件中无法显示。由于之前算其他分子的时候没有这么长，一直设定晶胞边长为30A，且这个长度最终得到的水溶液环境的密度与实际相符，所以请问老师们，在不改变边长的情况下，有办法能让这部分被覆盖的原子仍然显示在pdb文件中么？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-7 02:39:01

到底是用什么程序做模拟？如果用M$，发帖时候分类不要设Amber

看不明白你说的覆盖是怎么回事，是pdb文件里有某些原子坐标很接近？
这种体系建模用packmol很适合

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[Amber] 建立supercell时部分原子重叠

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