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[GROMACS] 求助:分子动力学初始结构合理性怎样判断

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本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-5 01:24 编辑

老师好,大家好,如果用Packmol产生结构时设置tolerance为2.0,是不是就不会存在不合理接触呢?模拟崩溃的原因类型之一“初始结构严重不合理”指的是什么呢?谢谢。
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发表于 Post on 2019-3-5 19:13:15 | 只看该作者 Only view this author
不会存在
是指初始结构里有某些原子离得太近,斥力太大

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yihanxu + 5 谢谢

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发表于 Post on 2019-3-21 16:18:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-21 17:11 编辑
sobereva 发表于 2019-3-5 19:13
不会存在
是指初始结构里有某些原子离得太近,斥力太大

请问对于一个无定型结构的分子动力学,首先用MS构建一定密度下的初始结构,然后再将此结构去跑分子动力学,那么如何判断这个初始结构的合理性?有时候用MS的Amorphous Cell模块跑出来的结构原子都挤在一起了,有时候又很分散。

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发表于 Post on 2019-3-21 17:36:53 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-3-21 16:18
请问对于一个无定型结构的分子动力学,首先用MS构建一定密度下的初始结构,然后再将此结构去跑分子动力学 ...

用packmol建模灵活得多
从化学直觉上就能看出合不合理。如果不合理不是太严重也无妨,关键看跑起来之后会不会自发变得合理。
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