请问sob老师关于离子力场的问题

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-18 16:52:29

Sob老师，我想用amber计算重金属离子在水溶液中与水溶性配体之间的相互作用，有很多文献计算这方面性质。
但是，amber的力场基本都是针对生物分子方面的，没发现针对离子的。
以前在用ADF的时候，里面的amber99力场里面包括一些离子的力场，而且也很容易修改，可以很直观的看到各个数值表示什么含义（比如第一列为k_b......），但是在amber的leap文件夹中我没发现这样的文件。
请问应该如何编辑这样的力场文件用于我的计算？重新建立一个还是在现有的文件的基础上新建一个？什么格式？
另外是否还有其他需要注意的方面？
谢谢Sob老师，这方面的确是新手，多谢指教

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-18 19:30:59

AMBER力场直接带了离子参数，诸如对于AMBER99，直接从parm99.dat里就能找到，非常清楚
parm*.dat文件的格式在这里介绍得很明白：http://ambermd.org/FileFormats.php

Li  6.94       0.029             lithium, ions pol:J.PhysC,11,1541,(1978)
IP 22.99       0.250             assumed to be Na+ (ion plus)
Na 22.99       0.250             Na+, ions pol:J.PhysC,11,1541,(1978)
K  39.10       1.060             potassium
Rb 85.47                            rubidium
Cs 132.91                         cesium
Zn  65.4                            Zn2+
...
  IM       2.47 0.1             Cl- Smith & Dang, JCP 1994,100:5,3757
  Li       1.1370  0.0183          Li+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  IP       1.8680  0.00277          Na+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  Na       1.8680  0.00277          Na+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  K          2.6580  0.000328          K+  Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  Rb       2.9560  0.00017          Rb+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  Cs       3.3950  0.0000806       Cs+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  MG       0.7926  0.8947          Mg2+ Aqvist JPC 1990,94,8021.(adapted)
  C0       1.7131  0.459789          Ca2+ Aqvist JPC 1990,94,8021.(adapted)
  Zn       1.10 0.0125          Zn2+, Merz,PAK, JACS,113,8262,(1991)

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-18 21:56:39

sobereva 发表于 2019-2-18 19:30
AMBER力场直接带了离子参数，诸如对于AMBER99，直接从parm99.dat里就能找到，非常清楚
parm*.dat文件的格 ...

谢谢Sob老师
请问Li 6.94 0.029中的0.029是啥？
Li 1.1370 0.0183中的两个数字又是啥？

另外，这里面没有与非金属原子成键的k_b, k_theta以及LJ参数啊？
比如UO2+2离子中的U=O键在这个表里没法描述吧？

谢谢老师，麻烦了，请您多指教。

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-19 10:51:21

lastzealot 发表于 2019-2-18 21:56
谢谢Sob老师
请问Li 6.94 0.029中的0.029是啥？
Li 1.1370 0.0183中的两个数字又是啥？
...

看我提供的格式介绍页面啊，都写明了

怎么没有，所有成键项、非键项的参数都体现在这里

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-19 15:55:19

sobereva 发表于 2019-2-19 10:51
看我提供的格式介绍页面啊，都写明了

怎么没有，所有成键项、非键项的参数都体现在这里

谢谢Sob，消化一下

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-21 13:14:43

sobereva 发表于 2019-2-19 10:51
看我提供的格式介绍页面啊，都写明了

怎么没有，所有成键项、非键项的参数都体现在这里

Sob老师，我看dat/leap/cmd文件夹中有很多leaprc文件，/dat/leap/parm文件夹中有很多frcmod文件，其中leaprc文件末尾会引用相关的frcmod文件。
那么我在修改力场的时候，应该修改哪个文件？
是不是修改frcmod文件就可以了，然后找一个leaprc文件在后面引用一下就可以了？

谢谢老师，您分享的那个链接我看过了，不过还有上述疑问，因为那个链接里面写的并不是很详细。

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-21 22:30:54

lastzealot 发表于 2019-2-21 13:14
Sob老师，我看dat/leap/cmd文件夹中有很多leaprc文件，/dat/leap/parm文件夹中有很多frcmod文件，其中lea ...

frcmod相当于补丁文件，如果引入的frcmod里发现没有你要改的对应的项，就在.dat里改

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-22 07:14:13

sobereva 发表于 2019-2-21 22:30
frcmod相当于补丁文件，如果引入的frcmod里发现没有你要改的对应的项，就在.dat里改

谢谢老师

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