SDF isovalue的数值选择问题

鱼叉君 · 发表于 Post on 2018-11-2 04:53:06

我用gromacs跑完轨迹之后（2000帧），取了一个中心分子和距离它8埃之内的溶剂分子生成pdb，用travis做的sdf生成了cube，用VMD显示，调整了isovalue，但看起来都有点奇怪，想问问大家有什么建议吗？不知道是不是帧数的问题？主要奇怪的地方在于我看到文献里和教程里的图的层数显示都比较清晰，我这个看着就比较乱，我从rdf图中看出来，第一个峰在2埃多，第二个不算尖峰，有点平，在5埃左右，那我是调整isovalue让sdf在这个距离范围显示就可以了吗？图里isovalue小的时候，8埃以外的地方也会有显示，我这个不太明白，希望了解的朋友能赐教！非常感谢！~

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-2 05:24:42

注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题改了。

sdf的平滑程度对统计的帧数非常敏感，帧数越多越平滑。选取能令你感兴趣的区域特征展现出来的值即可。
isovalue不要太小，否则噪音区域也会被显示出来

鱼叉君 · 发表于 Post on 2018-11-2 06:34:40

sobereva 发表于 2018-11-2 05:24
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.htm ...

Sob老师，我发现比如我选择colorID为红色，isovalue大于100的时候，显示了白色的块状，isovalue小于100的时候，才会逐渐有红色部分出现，想问下这是什么原因？那如果isovalue选择100以上可以吗

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-2 17:52:54

鱼叉君发表于 2018-11-2 06:34
Sob老师，我发现比如我选择colorID为红色，isovalue大于100的时候，显示了白色的块状，isovalue小于100的 ...

我不清楚你的情况。如果当前只有一个rep用来显示等值面的话，Color ID设的什么颜色，所有等值面就应该是什么颜色。

你微笑时好Mg · 发表于 Post on 2019-4-16 14:01:14

新手想问一下“取了一个中心分子和距离它8埃之内的溶剂分子生成pdb”，这个怎么做？

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[VMD] SDF isovalue的数值选择问题

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