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本帖最后由 qmlearner 于 2025-1-17 14:58 编辑
付老师好，请教一下，我们想用meta-eABF计算离子穿过一个纳米孔的PMF曲线。模型：一个打孔的周期性石墨烯放在盒子中间，在孔差不多正上方（z方向）大概1 nm处放一个离子，充满水；固定离子，充分平衡体系。然后用这个结构计算PMF，参考这篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =1&extra=#pid323138和您这篇帖子，写了如下的colvars.dat，用的是GROMACS2024.4，NPT系宗。但是模拟了20ns去看轨迹发现离子还没有过孔，整条轨迹中离子不是逐渐靠近孔，反而是快速到孔附近之后，在那儿待了一段时间就又跑到孔上面去了，然后再到孔附近，这样来回的状态，PMF曲线也不太对，如图所示。请问下我们的colvars.dat文件参数有哪里不正确的吗，能否指点一下，非常感谢!
colvarsTrajFrequency 20000
colvarsRestartFrequency 1000000
colvar {
name K
width 0.1
lowerBoundary -1
upperBoundary 1 #想对离子在孔上下1nm这个范围内采样，这个范围是相对于dummyAtom的吗？
extendedLagrangian on
extendedFluctuation 0.1
extendedTimeConstant 200
subtractAppliedForce on
expandboundaries on
distanceZ {
main {
atomNumbers 178 #离子
}
ref {
dummyAtom (1.14, 1.091, 2.939) #孔中心的坐标，单位nm
}
axis (0.0, 0.0, 1.0)
#forceNoPBC no
}
}
colvar {
name K_xy
width 0.1
lowerBoundary 0
upperBoundary 0.001
extendedLagrangian on
extendedFluctuation 0.1
extendedTimeConstant 200
subtractAppliedForce on
expandboundaries on
distanceXY {
main {
atomNumbers 178
}
ref {
dummyAtom (1.14, 1.091, 2.939)
}
}
}
harmonicWalls {
name walls
colvars K K_xy
lowerWalls -1 0
upperWalls 1 0.001
forceConstant 5.0
}
abf {
name abf
colvars K
fullsamples 500
historyFreq 1000000
writeCZARwindowFile on
CZARestimator on
}
metadynamics {
colvars K
hillwidth 5
hillweight 0.1
welltempered on
biastemperature 4000
}
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楼主 Author
发表于 Post on 2024-11-4 11:47:45
