关于β-氨基酸力场参数问题

渠梦楠

各位前辈好，我现在要构建一个由β-氨基酸组成的环肽纳米管，来模拟离子通道，但是苦于找不到正确的参数，因为现在的参数大多是关于α-氨基酸的参数，找了很久无果。所以请教一下各位，应该用哪种方式或者说应该去哪里找到关于β-氨基酸的参数。能否不通过计算来找到可以用于β-氨基酸的相关参数，谢谢各位！

dummy1

这两种氨基酸并无太大的差别，完全可以用alpha-氨基酸的力场来处理。。。

渠梦楠

dummy1 发表于 2018-6-28 22:35
这两种氨基酸并无太大的差别，完全可以用alpha-氨基酸的力场来处理。。。

谢谢您的回复，但是我用阿尔法的氨基酸的力场一直报错，并且每次报错的原子都不同，报错如图所示，您看看是因为什么引起的。

dummy1

渠梦楠 发表于 2018-6-28 22:43
谢谢您的回复，但是我用阿尔法的氨基酸的力场一直报错，并且每次报错的原子都不同，报错如图所示，您看看 ...

我并不认为这是力场的问题，（这种问题一般google都能找到相关的帖子。。。。）
你可以试试这里提到的：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2012-2013/2226.html

渠梦楠

谢谢您的回答

渠梦楠

dummy1 发表于 2018-6-29 02:46
我并不认为这是力场的问题，（这种问题一般google都能找到相关的帖子。。。。）
你可以试试这里提到的： ...

前辈，我刚开始学NAMD，刚刚问的问题可能不对，不是力场参数的问题，应该是psf中的结构信息不太对，但是pdb的结构我已经用高斯优化过了，一直找不到问题在哪，每次一提交任务就报错，都要崩溃了，能麻烦您再指导下吗，或者给我指出一个方向我去找找相关的信息，（相关的文件我贴到附件里面了）谢谢您！

ene

刚刚跑了一下，发现能量最小化之后结构的畸变非常严重，最大的问题在于patch出来的那个肽键氮上的氢原子几乎都已经跑到肽键碳和氮原子中间去了。如果你用高斯优化这个结构能成功收敛的话，那只能说明当前力场参数下，在psfgen中用patch方法生成的这根键，没有被正确的描述。暂时我也不清楚如何解决这个问题，或许你可以换gmx试试？另外你这个结构本身也有问题，你可以把psf和pdb文件加载到vmd里面看一下，有一些原子成键是乱的。我搭了一个结构，应该没有什么太多问题，有兴趣可以看看。 AQ1_8_new.pdb (50.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2018-6-29 21:25 上传 Uploaded

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AQ1_8_new.psf (122.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2018-6-29 21:25 上传 Uploaded

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ene

还有一点，离子通道一般都包含跨膜结构吧？你这个没有膜环境，甚至连个水盒子都没有，即使跑出来了，结果应该也意义不大吧

渠梦楠

ene 发表于 2018-6-29 21:33
还有一点，离子通道一般都包含跨膜结构吧？你这个没有膜环境，甚至连个水盒子都没有，即使跑出来了，结果应 ...

谢谢您的回复，也谢谢您算了新的结构，我用了您的结构算了一下仍然报同样的错误，因为一些原因我只能用NAMD来计算。另外，原来我搭建的管子并没有整个优化的，而是先优化的两个环肽，利用两个环肽搭建的管子。我所用到的脚本在附件里面，另外我很好奇您是怎么搭建管子的，再次谢谢您！~

ene

渠梦楠 发表于 2018-6-29 21:58
谢谢您的回复，也谢谢您算了新的结构，我用了您的结构算了一下仍然报同样的错误，因为一些原因我只能用NA ...

和你大同小异

渠梦楠

ene 发表于 2018-6-29 23:29
和你大同小异

您好，再打扰您下，您前面说你用管子跑能量最小化时管子塌陷严重，但是我的问题是根本跑不起来，还有您的键长键角二面角的参数都是用的α-氨基酸的参数吗？再次谢谢您！

ene

渠梦楠 发表于 2018-7-3 09:30
您好，再打扰您下，您前面说你用管子跑能量最小化时管子塌陷严重，但是我的问题是根本跑不起来，还有您的 ...

最小化能跑起来，动力学肯定报错。至于变形那个问题，你跑这个管子的单独一层就明白了。