请问怎么在模拟体系加搅拌力？

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-6-26 10:07:44

各位老师
您好！
   我想模拟实验中通过搅拌的方式溶剂溶解溶质的过程，不知道怎么实施。请问怎么在模拟体系加搅拌力？
   我是这么想的，建立圆柱盒子，nopbc，给每个溶剂分子定义一个切向速度（假设每个溶剂分子角速度相同），溶质分子自由的放在盒子里，在这种非平衡下看溶解情况。
   请问这样行得通吗？如果可以，怎么设定每个溶剂分子不变的角速度？
请大家不吝赐教！谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-26 13:37:46

应该没法设
或许可以放个纳米板，用Enforced Rotation设置令它旋转起来模拟搅拌器

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-6-26 14:17:58

sobereva 发表于 2018-6-26 13:37
应该没法设
或许可以放个纳米板，用Enforced Rotation设置令它旋转起来模拟搅拌器

sob老师，非常感谢您的解答。您能不能够稍微详细的解释一下。

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-6-26 18:15:27

在NAMD中可以用tcl force实现（教程有个类似的示例），在OPENMM中可以用python interface实现

ruanyang · 发表于 Post on 2018-6-26 20:03:00

http://www.mpibpc.mpg.de/grubmueller/rotation
rotation可以参考

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-6-27 09:03:13

fhh2626 发表于 2018-6-26 18:15
在NAMD中可以用tcl force实现（教程有个类似的示例），在OPENMM中可以用python interface实现

非常感谢您的回复

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-6-27 09:04:37

ruanyang 发表于 2018-6-26 20:03
http://www.mpibpc.mpg.de/grubmueller/rotation
rotation可以参考

非常感谢您

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