计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10695|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 用mulitiwfn算NTO轨道贡献的时候,所有的激发态算出的NTO的本征值都是0

[复制链接 Copy URL]

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

本帖最后由 mly12345 于 2018-6-6 16:13 编辑

输入文件:
%mem=2000MW
%NprocShared=8
%LindaWorker=cu30-c-ib
%chk=abs-air.chk
%nproc=8
# cam-b3lyp/6-31g(d,p) td(nstates=40,singlets) gfinput iop(6/7=3)

Title Card Required

0 1
==============================================
算出最大激发态是S4,然后用 mulitiwfn计算NTO贡献的时候,所有激发态的所有NTO贡献都是0:

Multiplicity of this excited state is   1
Excitation energy is   4.6678000 eV
There are       3 orbital pairs in this transition mode
The sum of square of excitation coefficients:  0.469354
The negative of the sum of square of de-excitation coefficients:  0.000000
The sum of above two values  0.469354
The highest 10 eigenvalues of occupied NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
The highest 10 eigenvalues of virtual NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
0 Return

求问,是使用的fchk文件有问题吗?

oxd9-nto-air.com

3.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-5 10:18:27 | 只看该作者 Only view this author
后面我重新走了一个,也不知道可不可以算出

%mem=2GB
%NprocShared=8
%LindaWorker=cu30-c-ib
%chk=nto-abs-air.chk
%nproc=8
# cis/6-31+G* pop(saveNTO,NTO) density=transition=1 td(nstates=20,singlets) gfinput iop(6/7=3)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2018-6-5 10:19:08 | 只看该作者 Only view this author
仔细看此文,你的输入文件明显不合要求
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377

最重要的9/40=4都没写,反倒写了完全多余的gfinput iop(6/7=3)

2L的关键词不是用来结合Multiwfn做NTO分析的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-5 10:20:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-5 10:19
仔细看此文,你的输入文件明显不合要求
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377

我之前以为旧的fchk文件可以,新写的那个可以吗老师?

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-5 10:21:57 | 只看该作者 Only view this author
我看到了实例是这个,觉得和我最开始那个输入文件差别不大,所以就直接拿mulitiwfn试了一下

%chk=C:\uracil.chk
#p PBE1PBE/6-31G* TD IOp(9/40=4)
B3LYP/6-31G* opted

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-6-5 10:22:02 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-6-5 10:20
我之前以为旧的fchk文件可以,新写的那个可以吗老师?

什么新写的?
严格按照我博文里的例子写关键词

TD任务直接产生的fch文件直接拿来用

如果不熟悉流程,先把博文里的例子重复一遍,几分钟的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-5 10:25:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-5 10:22
什么新写的?
严格按照我博文里的例子写关键词

好的好的,谢谢老师指导
按照例子写的:

%mem=2GB
%chk=oxd8c-nto-air.chk
#p PBE1PBE/6-31G* TD(nstates=20,singlets)  IOp(9/40=4)

B3LYP/6-31G* opted

0 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-6-5 10:34:03 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-6-5 10:25
好的好的,谢谢老师指导
按照例子写的:

这个可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-5 16:08:02 | 只看该作者 Only view this author

老师,我的FCHK文件算NTO结果:
S1:

Multiplicity of this excited state is   1
Excitation energy is   4.6678000 eV
There are       3 orbital pairs in this transition mode
The sum of square of excitation coefficients:  0.469354
The negative of the sum of square of de-excitation coefficients:  0.000000
The sum of above two values  0.469354

The highest 10 eigenvalues of occupied NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

The highest 10 eigenvalues of virtual NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

---------------
最大振子强度是S5:
5
Multiplicity of this excited state is   1
Excitation energy is   5.4171000 eV
There are       4 orbital pairs in this transition mode
The sum of square of excitation coefficients:  0.487983
The negative of the sum of square of de-excitation coefficients:  0.000000
The sum of above two values  0.487983

The highest 10 eigenvalues of occupied NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

The highest 10 eigenvalues of virtual NTOs:
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000

这是怎么回事

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2018-6-6 04:10:24 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-6-5 16:08
老师,我的FCHK文件算NTO结果:
S1:


明显又没用IOP(9/40=4),否则The sum of above two values后头不可能偏离0.5那么多
先严格重复一次博文里尿嘧啶的例子,确保操作过程无误,之后再算你自己的体系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

490

帖子

2

威望

5130

eV
积分
5660

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2018-6-6 08:08:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-6-6 08:12 编辑

如果不使用IOp(9/40=4),Gaussian默认情况下只会输出组态系数比较大的组态(默认是>0.1),Gaussian计算NTO的时候由于是调用的chk文件,而chk文件存的组态系数较多,因此不存在这个问题。 但是如果利用Multiwfn来计算的话,由于Multiwfn是从log文件中提取组态系数,因此这就需要log文件中保存的组态系数足够多,否则就会出现如你这样的问题“The sum of above two values后头偏离0.5那么远”。
PS: Multiwfn做NTO分析肯定是没有任何问题的(如果严格按照博文的步骤),自从Multiwfn有了这个功能以后,我就没用过Gaussian来做NTO了。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
sobereva + 2 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 08:10:22 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 08:08
如果不使用IOp(9/40=4),Gaussian默认情况下只会输出组态系数比较大的组态(默认是>0.1),Gaussian计算NTO ...

谢谢指点!

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 08:11:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-6 04:10
明显又没用IOP(9/40=4),否则The sum of above two values后头不可能偏离0.5那么多
先严格重复一次博 ...

谢谢老师

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 15:55:39 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 08:08
如果不使用IOp(9/40=4),Gaussian默认情况下只会输出组态系数比较大的组态(默认是>0.1),Gaussian计算NTO ...

你好,我用

%chk=nto-air.chk
#p PBE1PBE/6-31G* TD IOp(9/40=4)

B3LYP/6-31G* opted

mulitiwfn分析还是出不来,这又是怎么回事。

59

帖子

0

威望

89

eV
积分
148

Level 2 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 15:56:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-6 04:10
明显又没用IOP(9/40=4),否则The sum of above two values后头不可能偏离0.5那么多
先严格重复一次博 ...

老师,我写了IOp的之后还是依旧这样,为什么呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 02:29 , Processed in 0.292896 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list