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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2022-5-9 15:33:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2022-5-9 15:44 编辑

老师,我想用VMD修改Multiwfn导出的等值面两种颜色,使他们更加美观,但是由于我的元素不一样,这个需要做什么修改?
我看到老师的博文里面是这样写的:
color Name C tan
color change rgb tan 0.700000 0.560000 0.360000
material change mirror Opaque 0.15
material change outline Opaque 4.000000
material change outlinewidth Opaque 0.5
material change ambient Glossy 0.1
material change diffuse Glossy 0.600000
material change opacity Glossy 0.75
material change shininess Glossy 1.0
mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
display distance -7.0
display height 10
light 3 on


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 21:22:18 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-5-9 15:33
老师,我想用VMD修改Multiwfn导出的等值面两种颜色,使他们更加美观,但是由于我的元素不一样,这个需要做 ...

看不懂你的问题,到底要设置等值面颜色还是设置元素颜色

Multiwfn导出的是格点数据,不是等值面。VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-9 22:07:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 21:22
看不懂你的问题,到底要设置等值面颜色还是设置元素颜色

Multiwfn导出的是格点数据,不是等值面。VMD ...

老师,通过VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面,我想设置等值面颜色!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 20:30:42 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-5-9 22:07
老师,通过VMD是基于Multiwfn导出的格点数据来显示等值面,我想设置等值面颜色!

mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
这两行命令是改top体系的rep 1和rep 2的颜色序号的,分别用来显示等值面数值为正和为负的部分。ColorID后面可以改成其它的色彩ID,在VMD里内置了33个色彩,序号顺序是(从0开始)
blue, red, gray, orange, yellow, tan, silver, green, white, pink, cyan, purple, lime, mauve, ochre, iceblue, black, yellow2, yellow3, green2, green3, cyan2, cyan3, blue2, blue3, violet, violet2, magenta, magenta2, red2, red3, orange2, and orange3
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发表于 Post on 2022-5-12 09:42:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:30
mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
这两行命令是改top体系的rep 1和rep 2 ...

好呢,谢谢老师!
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发表于 Post on 2022-5-15 16:04:18 | 只看该作者 Only view this author
请问一下各位老师,我在使用Multiwfn定域化molpro软件hf计算的三重态分子的正则分子轨道时出错,提示 Error: This function only works for single-determinant SCF wavefunction! 后来测试了一下,发现只要是hf计算三重态体系,其生成的.molden文件在Multiwfn中进行轨道定域化时都会出现相同的错误提示,而在计算单重态时就不会报错,查看了Multiwfn的手册相关部分以及相关的帖子也没能找到解决方法,还请问一下各位老师遇到这种情况该怎么处理呀,谢谢啦~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-15 21:46:16 | 只看该作者 Only view this author
橘垚垚 发表于 2022-5-15 16:04
请问一下各位老师,我在使用Multiwfn定域化molpro软件hf计算的三重态分子的正则分子轨道时出错,提示 Error ...

对于UHF/UKS计算,molpro会先产生UNO轨道再导出,会被Multiwfn误认为是多组态波函数。molpro在这一点上很不人性化

只能如下将alpha和beta分别导出,之后再把molden文件的内容手动合并
put, molden, filename1.molden; orbital, type=alpha
put, molden, filename2.molden; orbital, type=beta

嫌合并麻烦的话就别用Molpro算
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发表于 Post on 2022-5-16 12:56:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-15 21:46
对于UHF/UKS计算,molpro会先产生UNO轨道再导出,会被Multiwfn误认为是多组态波函数。molpro在这一点上很 ...

好的,非常感谢sob老师~

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发表于 Post on 2022-5-19 15:45:05 | 只看该作者 Only view this author
请问一下各位老师,我想用概念密度泛函理论下的全局指数比较两个都处于三重态分子的全局指数,如果用UKS方法优化三重态结构的话,N电子态的电荷和自旋多重度是0 3,想问下N+1和N-1应该是多少呢?

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发表于 Post on 2022-5-19 19:43:10 | 只看该作者 Only view this author

求助关于ESP值

我对下面两个结构进行了优化,在gaussian里用chk文件在相同bar值下初步画了下两个物质的ESP图,用multiwfn算了ESP的最大值,发现带氟的ESP的最大值较大,我想氟应该是吸电子基团,应该它上面的ESP值小一些才对把
基组是6-311++g(d,p)


结构式.jpg (63.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

结构式.jpg

ESP.png (226.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

右边是带氟的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-19 22:15:40 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-5-19 19:43
我对下面两个结构进行了优化,在gaussian里用chk文件在相同bar值下初步画了下两个物质的ESP图,用multiwfn ...

gview的图都看不清楚结构,按下文绘制,并且把最大点位置和数值标注出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

F吸电子,说明被吸走电子的原子原子电荷更大,显然相应原子局部区域静电势会更正。
而且F的局部分子表面上未必有极大点(F很难形成sigma-hole),关注这根本也没有实际意义

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-19 22:44:17 | 只看该作者 Only view this author
Altair 发表于 2022-5-19 15:45
请问一下各位老师,我想用概念密度泛函理论下的全局指数比较两个都处于三重态分子的全局指数,如果用UKS方 ...

-1 2、1 2
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发表于 Post on 2022-5-20 14:14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-19 22:15
gview的图都看不清楚结构,按下文绘制,并且把最大点位置和数值标注出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静 ...

谢谢sob老师,昨天那个我表述有问题,今天我把ESP图和ESP最大值都标出来了,极大值点有点多我就没放,最右边的是12个F的,我主要是想看3和12的区别,因为F吸电子,我想F越多的话吸电子能力越强,应该越正才对,但是12个F的ESP值却是最小的,所以就没头绪了

ESP.jpg (197.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

ESP.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-21 04:38:39 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-5-20 14:14
谢谢sob老师,昨天那个我表述有问题,今天我把ESP图和ESP最大值都标出来了,极大值点有点多我就没放,最 ...

F的多少和中间那个区域静电势的大小没太直接的联系。虽然F吸电子能力很强,但效果顶多也就影响几个键,影响不到中间那地方去。分子表面静电势受构象影响很大,只有这几个体系都用差不多的构象,才能把F的影响和构象的影响区分开。
对比引入F对电子结构的影响时尽量用类似你最右图那种构象,免得那个链和静电势很正的区域埃得太近产生干扰。

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发表于 Post on 2022-5-21 09:43:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-21 04:38
F的多少和中间那个区域静电势的大小没太直接的联系。虽然F吸电子能力很强,但效果顶多也就影响几个键,影 ...

明白了,谢谢sob老师

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