计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16618|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:判断动力学模拟后蛋白结构是否稳定的主要依据是RMSD吗?

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

91

eV
积分
98

Level 2 能力者

想请教各位老师,我依照gmx官网教程对一个通过I TASSER得到的蛋白结构进行了10ns的动力学模拟(想要优化结构),如何判断结构已经稳定(只看骨架RMSD可以吗)。另外我得到的这个RMSD图是否可以说证明结构已经稳定了呢(我感觉波动比较大)?如果还需要继续跑要跑多少ns呢。

RMSD.png (18.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

骨架RMSD

骨架RMSD

1149

帖子

6

威望

6635

eV
积分
7904

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-5-24 16:07:43 | 只看该作者 Only view this author
还早着呢,你再跑个100ns看看吧

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-5-24 20:52:43 | 只看该作者 Only view this author
用较好的GPU来加速,显式水下跑普通蛋白质每天几十~几百ns。当前才跑10ns,对于讨论这种问题在如今来看完全不够,而且RMSD曲线还完全没跑平
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

7

帖子

0

威望

91

eV
积分
98

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-6 23:16:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-24 20:52
用较好的GPU来加速,显式水下跑普通蛋白质每天几十~几百ns。当前才跑10ns,对于讨论这种问题在如今来看完全 ...

Sob老师,鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短,我这次对我的蛋白(915个氨基酸)进行了100ns的模拟如图所示。请问这样的结果是否还需要再跑

c5bc36ee054bd899fe1e2f45e1050a7.png (25.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

骨架RMSD图

骨架RMSD图

142

帖子

3

威望

4381

eV
积分
4583

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2021-6-7 05:07:00 | 只看该作者 Only view this author
阳台的茵蒂克丝 发表于 2021-6-6 23:16
Sob老师,鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短,我这次对我的蛋白(915个氨基酸)进行了100ns的模拟如图所 ...

对于同源模建的结构,100ns的RMSD图是这个样子已经足够说明体系的稳定性了。没必要跑太长时间,继续跑还不如用不同的初速度多跑两组100ns的,更加严谨一些。
(比如这里就跑了3次100ns:https://doi.org/10.3389/fphar.2018.01065

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-6-7 08:40:37 | 只看该作者 Only view this author
阳台的茵蒂克丝 发表于 2021-6-6 23:16
Sob老师,鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短,我这次对我的蛋白(915个氨基酸)进行了100ns的模拟如图所 ...

够了,基本稳定在1nm了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

7

帖子

0

威望

91

eV
积分
98

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 21:11:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-7 08:40
够了,基本稳定在1nm了

Sob老师,我还有一个问题。如果我做MD模拟是为了做蛋白结构优化,那么我输出的结构是要选体系的Total energy最低的一帧吗(在体系平衡的基础上)。
gmx energy -f md_0_1.edr -o energy.xvg(我先查看了total energy找到了了50ns后能量最低的一帧)
gmx trjconv -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -o 82960.gro -dump 82960(输出了那一帧)
之后我对这个输出的体系进行了能量最小化
在消除周期性后我将能量最小化轨迹文件的最后一帧的protein输出成PDB文件(最终构象)
请问我这么做对吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-6-20 17:40:04 | 只看该作者 Only view this author
阳台的茵蒂克丝 发表于 2021-6-19 21:11
Sob老师,我还有一个问题。如果我做MD模拟是为了做蛋白结构优化,那么我输出的结构是要选体系的Total ene ...

更理想的做法是退火,慢慢降温到0度,然后做优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

598

eV
积分
626

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2024-3-25 11:22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-7 08:40
够了,基本稳定在1nm了

老师您好 我想问下 可以理解为rmsd小范围波动在1nm以内就可以认为是平衡的了吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2024-3-25 11:25:06 | 只看该作者 Only view this author
Ajl 发表于 2024-3-25 11:22
老师您好 我想问下 可以理解为rmsd小范围波动在1nm以内就可以认为是平衡的了吗
该说的都说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

611

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2024-9-24 15:32:19 | 只看该作者 Only view this author
laoman 发表于 2021-6-7 05:07
对于同源模建的结构,100ns的RMSD图是这个样子已经足够说明体系的稳定性了。没必要跑太长时间,继续跑还 ...

您好,一直有一个不确定的点,想请问下,“用不同的初速度多跑两组”是指:
1.同一个体系经历同样的em、nvt过程,得到一个结构,拿这个结构去赋予不同的初速度去跑3组md
还是:
2.分别经历各自的em、nvt,即得到了3个nvt后的结构体系,这三个再分别去跑md?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 05:17 , Processed in 0.211247 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list