由氨基酸序列批处理生成pdb文件求助？

Student · 发表于 Post on 2018-11-21 19:08:30

各位老师，大家好，小白现在遇到一个问题，我现在有大量的氨基酸序列，需要构建其pdb文件，虽然借助于一些软件可以手动构建pdb文件，但是由于多肽序列太多，工作量太大，想要求助一种程序或者方法，能够根据多肽的序列（都是由20种天然氨基酸构成）快速批量生成pdb文件，已经多次在计算化学求助，每次都能得到解答，非常感谢老师的热心帮助，所以又来求助，还望老师以及各位高手多多指教，谢谢了！

meatball1982 · 发表于 Post on 2018-11-26 16:04:59

可能通过tinker的protein命令实现。

input.txt：

a
a
ACE
ALA
ARG
ASN
NME

N

in.key：

parameters ./amber99sb.prm

生成的命令
cat input.txt | protin -k in.key

生成xyz文件。
通过

xyzpdb a.xyz -k in.key

生成a.pdb
可以命令行实现。然后，你就想怎么干，怎么干了。
另，amber99sb.prm　在　tinker的param中有。

racy · 发表于 Post on 2021-7-21 21:38:24

你好，请问可以大致介绍一些可以构建短序列pdb文件的软件或者是工具吗

panernie · 发表于 Post on 2021-7-22 00:16:40

不追求结构合理的话，很多软件都包含氨基酸库，例如chem3D、PyMoL、Avogadro等等。此外，在线服务器也很多，根据AA序列获得smile格式，在将smile格式转化成pdb，后面这一步骤在上述一些软件中都可以转化为pdb，简单优化一下就变成3D结构。

9heihei6 · 发表于 Post on 2023-8-30 21:17:02

panernie 发表于 2021-7-22 00:16
不追求结构合理的话，很多软件都包含氨基酸库，例如chem3D、PyMoL、Avogadro等等。此外，在线服务器也很多 ...

请问有具体的在线工具网址么？

9heihei6 · 发表于 Post on 2023-8-30 21:24:24

racy 发表于 2021-7-21 21:38
你好，请问可以大致介绍一些可以构建短序列pdb文件的软件或者是工具吗

请问解决了么

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-9-2 21:12:09

我会选择python的peptideBuilder。

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[综合交流] 由氨基酸序列批处理生成pdb文件求助？

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