NVT系综如何控压？

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-6-28 22:31:01

大家好！！
在用MS forcite做分子动力学模拟时，若想模拟体系在相同压力下不同温度的一系列状态，可以通过什么手段用NVT系综来实现吗？还是只能用NPT系综算呢
谢谢大家帮忙！！

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-29 05:19:01

控压必须得NPT
NVT盒子尺寸都固定了怎么控压
控压就是通过调节盒子尺寸来实现的

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2018-6-29 09:00:51

明白！！谢谢老师！！

计化社阶乘 · 发表于 Post on 2020-12-17 22:18:25

sobereva 发表于 2018-6-29 05:19
控压必须得NPT
NVT盒子尺寸都固定了怎么控压
控压就是通过调节盒子尺寸来实现的

老师我想问问 NVT的现实意义是什么呢（比如NPT能控制压力 NVT控制了V的目的是啥呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 06:07:37

计化社阶乘发表于 2020-12-17 22:18
老师我想问问 NVT的现实意义是什么呢（比如NPT能控制压力 NVT控制了V的目的是啥呢？

比如模拟带真空区的体系（如气液界面），用控压的话会把真空区消掉，所以必须用V来保持盒子尺寸
还有计算扩散常数，有人认为控压的话由于盒子波动因此按比例调节原子坐标，会影响扩散常数的计算准确性。
还有的时候可能模拟体系不太稳定，一上来就用控压的话可能出现问题，可以先NVT稍微跑跑再用NPT。但这种情况不多见。
还有些杂七杂八的情况，反正用NVT都需要有明确理由才能用。

计化社阶乘 · 发表于 Post on 2020-12-18 09:20:43

sobereva 发表于 2020-12-18 06:07
比如模拟带真空区的体系（如气液界面），用控压的话会把真空区消掉，所以必须用V来保持盒子尺寸
还有计 ...

好的谢谢老师

孙航 · 发表于 Post on 2021-2-24 15:36:22

一般是NPT与NVT联动

泡泡鱼1218 · 发表于 Post on 2024-11-28 14:09:06

孙航发表于 2021-2-24 15:36
一般是NPT与NVT联动

老师您好，我想请教一下一般是先跑NVT达到一个相对稳定的值再去跑NPT给体系加压强吗

泡泡鱼1218 · 发表于 Post on 2024-11-28 14:09:52

泡泡鱼1218 发表于 2024-11-28 14:09
老师您好，我想请教一下一般是先跑NVT达到一个相对稳定的值再去跑NPT给体系加压强吗

还是说先跑一个NPT恒压再去跑NVT

cokie · 发表于 Post on 2024-11-28 22:46:55

泡泡鱼1218 发表于 2024-11-28 14:09
还是说先跑一个NPT恒压再去跑NVT

一般是NPT+周期性退火即可。

按sob老师的话来说：“没事别用NVT”

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2024-12-27 23:15:58

cokie 发表于 2024-11-28 22:46
一般是NPT+周期性退火即可。

按sob老师的话来说：“没事别用NVT”

你好，想问一下如果考察氨基酸与不同弄浓度离子作用的变化能否只用NVT呢？用NPT盒子大小会变化，按浓度添加离子又与盒子大小有关系

cokie · 发表于 Post on 2024-12-28 11:52:58

zxcvbnMia 发表于 2024-12-27 23:15
你好，想问一下如果考察氨基酸与不同弄浓度离子作用的变化能否只用NVT呢？用NPT盒子大小会变化，按浓度添 ...

不是，除非模拟的是气象环境。
如果建模时，插入溶剂使用的命令是solvate，那么在做NPT时，盒子体积的变化一般来说极小，差不多就是从10 x 10 x 10变成9.98 x 9.98 x 9.98这种程度。因为可用于solvate插入的溶剂盒子基本都是预先在室温跑平衡的，所以对于在室温条件下的模拟，即使跑NPT，盒子几乎不会有什么变化。在这种情况下，想体现不同离子浓度，只要改变溶剂和离子数比例即可。
如果建模时使用packmol等很自由的建模程序，那么首先需要用NPT跑到平衡，之后再计算当前体系浓度。若建模之后直接使用NVT，那么体系压力大概率完全不合理。

海棠依旧cdut · 发表于 Post on 2024-12-28 12:36:42

zxcvbnMia 发表于 2024-12-27 23:15
你好，想问一下如果考察氨基酸与不同弄浓度离子作用的变化能否只用NVT呢？用NPT盒子大小会变化，按浓度添 ...

NPT的主要目的是控压，NVT的目的是给与体系初速度。如何选择，最保守的方法就是看与你类似的文章里面是怎么做的。他们是用的NPT你就用NPT，他们是NVT你就用NVT。一般来说使用packmol建立体系的模拟都会用先用NPT（这是我个人经验）让体系密度达到稳定。然后再用NVT达到total energy平衡。之后就可以开始模拟了

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-28 13:28:49

海棠依旧cdut 发表于 2024-12-28 12:36
NPT的主要目的是控压，NVT的目的是给与体系初速度。如何选择，最保守的方法就是看与你类似的文章里面是怎 ...

V是体积又不是速度，NVT系综和初速度有什么关系？

海棠依旧cdut · 发表于 Post on 2024-12-28 21:19:06

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-28 13:28
V是体积又不是速度，NVT系综和初速度有什么关系？

不好意思我说的可能不太准确，我说的“给予”可能不太准确，应该是“调整”。lammps中nvt这方面的起步知识我是看的公众号lammps加油站，其中就提到了nvt平衡是通过改变原子初速度的方式达到控温的目的。如果我理解有误，请您不吝赐教。

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