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[综合交流] 绘图求助:用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细?

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楼主
请教公社各位是否有绘制过类似上传的两张图中的图?用途是用来说明动力学模拟中分子之间的连接性,绘制原理根据确定分子的质心坐标,然后连成线,我想求助有什么软件能够实现两个坐标之间连线并能设置线的粗细?非常感谢!

捕获.JPG (202.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 106)

图一

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捕获1.JPG (264.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 104)

图二

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发表于 Post on 2018-3-21 14:33:22 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-3-20 14:35
谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次,然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉,是不是该用ps了?还是有 ...

默认就不显示盒子
可以通过选择语句(比如x>20 and x<40...),只把中心盒子对应区域内的原子显示出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-20 14:35:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-20 11:58
用gmx genconf在上下左右都平移复制一次,然后恰当使用连线脚本(可能需要修改),以及恰当设定显示方式 ...

谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次,然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉,是不是该用ps了?还是有其他方式显示方式,只显示一定范围内的。

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发表于 Post on 2018-3-20 11:58:04 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-3-20 09:56
sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连 ...

用gmx genconf在上下左右都平移复制一次,然后恰当使用连线脚本(可能需要修改),以及恰当设定显示方式和选取,加上适当ps,能得到图中效果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-20 09:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本,在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连线。显示在盒子外不显示在盒子内。经验不足,请您再指点一下。非常感谢。

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发表于 Post on 2018-3-14 12:16:41 | 只看该作者 Only view this author
不是用这个
我是指使用诸如genconf之类,把体系平移复制成超胞,这样中心盒子边缘的分子也能与周期镜像中的分子进行连接
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 08:12:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本,在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

恩恩,请您再指点一下,周期镜像具体用 pbc wrap 进行加吗?谢谢您。

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发表于 Post on 2018-3-13 22:40:33 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-3-13 14:51
sob老师,再向您请教个问题,这个怎么把盒子周期性考虑进去呢?盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的 ...


没有简单办法。除非修改脚本,在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 14:51:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

sob老师,再向您请教个问题,这个怎么把盒子周期性考虑进去呢?盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 19:38:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

感谢sob老师!

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发表于 Post on 2018-3-7 19:12:13 | 只看该作者 Only view this author
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 10:28:40 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-3-6 18:54
质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单(偷懒的话选个看起来在分子中心的原子,连起来也行。。) ...

恩恩,谢谢指点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 10:27:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 18:29
你可以上传个图5那样的结构文件,如果谁(或我)有空说不定就帮你把脚本顺手写了

感谢sob老师的提议。我上传了一个结构文件(snapshot-1.gro),一个包含两个残基之间质心的距离及坐标文件(test.dat)。希望经验丰富的老师,看到此贴子,如果您有时间有兴趣的话能实现绘制此图的方法。期待回复。非常感谢!

snapshot-1.gro

931.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

结构文件

test.dat

58.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

质心距离及坐标文件

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发表于 Post on 2018-3-6 18:54:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 18:26
连线貌似是对质心连线
团簇数目太多,如果自己一个个点怕会累死,而且也不好考察随随时间的变化

质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单(偷懒的话选个看起来在分子中心的原子,连起来也行。。)

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发表于 Post on 2018-3-6 18:29:31 | 只看该作者 Only view this author
你可以上传个图5那样的结构文件,如果谁(或我)有空说不定就帮你把脚本顺手写了
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