【VASP安装】从Linux小白到vasp成功编译（centos虚拟机下安装教程）

BB_LFJ · 发表于 Post on 2018-3-5 23:50:27

本帖最后由 BB_LFJ 于 2018-3-6 13:33 编辑

  相较于很多大佬几小时装好一个软件，我磕磕绊绊花了一个寒假，从文字行学起，到vasp简单的计算，现在分享一些自己浅显的安装经历，希望能帮到许多也刚刚入门的大家少走一些弯路吧。
  接下来引用到的文章或者网站，均会注明出处，如有冒犯，请联系修改。

*****百度云链接（包含除虚拟机本身以外的所有必要文件）：链接：https://pan.baidu.com/s/1W5YPSIY3OXVsQzQiRPVCQw 密码：myjx

安装前必须掌握的：linux结构组成和基本命令，基本命令有目录（文件夹的添加删除）、vi或者vim编译文件的能力、yum安装、tar解压。软件包由win上载到linux系统请百度，一般都用xshell或者xmanager（都是软件，破解版百度）

*****安装参考：http://bbs.keinsci.com/thread-4267-1-1.html    来自本站youyno用户，在CSDN也可以找到他的同一篇帖子。

心得：1.centos版本必须6.x
   2.帖子第二页提到的三个32位库在所有安装前必须完成（可以自行百度linux32位库文件安装，其中要对yum命令比较了解）
   3.大的错误一般是软件依赖关系没有处理好，小的错误基本上都是路径出错，安装完整个vasp我才算对linux系统的文件结构有比较充分的了解，边安边学。
   4.除了openmpi以楼主方式没有编译成功外，其他请务必一字不差地照做，该修改的位置路径要修改正确。
   5.所有手动新安装的软件都要添加路径到.bashrc文件内，教程只给了准备工作的openmpi、fftw、intel编译环境的路径添加指导，实际所有安装完毕要使用vasp时为了方便起见（因为手动输入绝对路径也可以运行），也把路径添加进.bashrc文件，这样在工作目录下键入命令vasp_std就可以正确计算。
   6，可能还有很多种错误情况，但是多看多想很重要，缺什么补什么，搜相关资料，找到补齐的措施。不要害怕看见一大串错误结果，从第一个出错的位置细心分析，检查。

*****其中，openmpi安装以此网站为准：http://blog.csdn.net/amaowolf/article/details/7938357    来自CSDN的amaowolf用户，真是帮了大忙，我在openmpi这里卡了很久

*****关于运行前的输入文件参考教程以及学习vasp：http://www.bigbrosci.cn/LVASPTHW    来自大师兄科研网，也是我师兄给我推荐的自学vasp的优质网站

（POTCAR文件所属的赝势函数文件需要自行下载再上载到Linux系统里）
（运行脚本可以找自己的师兄师姐要，这是我基于实验室的主机guest身份运行需要的，主要是需要提交文件到主机上进行运算。另外自己pc上的vasp安装好添加了路径后，运算时在自己电脑上完成，此时在工作目录下键入vasp_std就可以了。）

注明出处，欢迎转载。

jessenju · 发表于 Post on 2018-12-23 20:18:37

sobereva 发表于 2018-12-22 23:53
CentOS 7.x绝对能正常编译，倘若一个程序在最主流的CentOS下都没法正常编译，那程序根本就没几个人能用了 ...

多谢sob老师解惑，我感觉应该不至于。

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-22 23:53:43

jessenju 发表于 2018-12-22 16:45
你好，感谢分享。我是小白，完全从0开始。请问为什么不能用CentOS7呢？没看明白。我看了看网上，现在已经是 ...

CentOS 7.x绝对能正常编译，倘若一个程序在最主流的CentOS下都没法正常编译，那程序根本就没几个人能用了。
只不过此贴的过程是专门针对6.x而言的

jessenju · 发表于 Post on 2018-12-22 16:45:57

你好，感谢分享。我是小白，完全从0开始。请问为什么不能用CentOS7呢？没看明白。我看了看网上，现在已经是7.6了。我正在下载，打算先用虚拟机跑跑看看。

hxd_yi · 发表于 Post on 2018-9-10 23:05:41

本帖最后由 hxd_yi 于 2018-9-10 23:18 编辑

CentOS是RedHat系的，其上游RedHat经过了严格的稳定性测试。Ubuntu上游是debian，社区维护开发的，单个软件拿出来可能比RedHat好用，但是组合到一起，稳定性没有保证，虽然传说Debian的stable也很stable。但是问题是如果服务器出事了，Debian没人背锅啊！而且Debian硬件支持不好。虽然我是是debian的拥趸，但是还是要实话实说。单机PC使用，debian挺好。各种软件apt一下就行。VMD、VASP都可以编译安装使用。个人学习使用VASP我是用gcc等开源的库完成的安装，只要把官网上的gcc的make.include稍稍改动一下就行。VMD根据sobereva的教程做就行，只是软件不用另外编译安装。
你说debian不能装MS？提示一下：debian的默认的shell是dash，你把默认shell改成bash就没问题了，其他安装同RedHat系。另外Ubuntu最重要的优势是易用性，其入门难度要比其他的linux发行版都低。

abin · 发表于 Post on 2018-9-10 16:43:02

sobereva 发表于 2018-3-6 13:55
主流的Linux发行版本没有不稳定的，Ubuntu也绝对不会比CentOS更稳定。专门用做计算服务器的，极少有用U ...

我很赞同这个观点。

Ubuntu是奔着“开箱即用”且能用于办公环境；
当然很多大陆用户是不能理解的，因为他们认为：
文档必须也只能是doc或者docx
临时发给别人的文档永远叫做“新建Microsoft文档.doc", 或者“新建Microsoft文档.docx"
电子表格必须也只能是Excel 等等。

由于Ubuntu的定位不同，默认可能不会安装编译器。
默认的安装，可是是针对99%的硬件，图形驱动，打印机驱动都好用。

至于用到专业计算领域，
CentOS, 或者Scientific Linux，是更适合的。

首先，有针对计算使用而创建的安装包合集，安装的时候，选择软件包模式就可以；
其次，为了考虑到某些工作站的特殊情况，不能访问互联网，而特别提供了软件包合集。
这个时候，可以下载叫做Everything的镜像，然后在本机yum local DVD就能搞定。
从这个角度而言，CentOS之类的，就更为便捷了。

在我个人看来，
CentOS Ubuntu的差异，我能用到的，
一个是rename指令语法不同；
另外当然是yum vs apt-get 了。
其他，都是一样的。因为我不适用图形界面。

apt-get很好，但是对于没有互联网连接的工作站或者服务器；
以及某些情况下，独有的网络异常，可能导致某些东西无法apt-get获取。

h840473807 · 发表于 Post on 2018-9-9 17:31:24

du19880425 发表于 2018-6-7 20:35
你好，我是在自己的计算机安装了VASP，也有了 incar poscar potcar kpoints 四个文件，但是在CentOs下还是 ...

用户根目录下的.bashrc里添加
export PATH=vasp绝对目录:$PATH
比如我的就是export PATH=home/hhm/VASP/vasp.5.4.1/bin:$PATH
设置完重新进入终端生效
键入mpirun -np 4 vasp_std >out.log &运行（4核并行）

du19880425 · 发表于 Post on 2018-6-7 20:35:10

你好，我是在自己的计算机安装了VASP，也有了 incar poscar potcar kpoints 四个文件，但是在CentOs下还是不知道怎么运行。看到上面写的第五条，怎么添加VASP路径，代码是什么，然后怎么运行呢？

Shiguoqiang · 发表于 Post on 2018-5-21 22:02:24

楼主你好，按照你的过程编译VASP，最后提示
ipo: warning #11010: file format not recognized for /opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.la
/opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.la: file not recognized: File format not recognized
make[2]: *** [vasp] Error 1
make[2]: Leaving directory `/tmp/vasp.5.4.1/build/std'
cp: cannot stat `vasp': No such file or directory
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory `/tmp/vasp.5.4.1/build/std'
make: *** [std] Error 2
请问这是什么原因，谢谢！

斯巴达·狗子 · 发表于 Post on 2018-5-18 11:10:12

对俺等小白来说，好帖！！！

只爱烧酒 · 发表于 Post on 2018-5-5 18:56:43

按照教程一步一步走，在编译“fftw”的时候，configure遇到了“could not find mpi library for --enable-mpi”，这个不是个例，网上也有人在反馈用同一个帖子的方法遇到相同的问题，上一步openmpi安装没问题的，which mpif90也正常。如果不开启enable mpi，编译fftw就没有问题。。

BB_LFJ · 发表于 Post on 2018-3-6 22:05:02

niobium 发表于 2018-3-6 20:59
一般叫命令行吧，“学linux时看到”是哪里看到的？我只是没见过这种说法，所以好奇而已。
还有，一般野 ...

嗯，我的确学的很浅显，不系统，只是目前在这样跌跌撞撞的过程中通过参照教程学会了很多的知识和思考方式，也稍许给我一点希望和动力吧。
我也的确意识到自己的知识相当的不全面，还是要多阅读多学习了，谢谢指导！

BB_LFJ · 发表于 Post on 2018-3-6 22:01:54

highlight 发表于 2018-3-6 20:52
再次修正一下，makefile.include需要修改，在OBJECTS里加$(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_inte ...

辛苦了，因为我自己平时学业就很忙，所以非常感谢能抽出宝贵时间来分享的人~

niobium · 发表于 Post on 2018-3-6 20:59:02

BB_LFJ 发表于 2018-3-6 20:16
突然冒汗。。。我其实很多时候自己并不清楚用的对不对，这个是在学linux时看到有图形界面和文字行两种系 ...

一般叫命令行吧，“学linux时看到”是哪里看到的？我只是没见过这种说法，所以好奇而已。
还有，一般野路子学习一个东西可能比较快，但往往不全面，而且可能有偏差。建议以后有时间可以再系统地看看书。

highlight · 发表于 Post on 2018-3-6 20:52:26

BB_LFJ 发表于 2018-3-6 20:14
感谢~

再次修正一下，makefile.include需要修改，在OBJECTS里加$(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

参考https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP

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