求应力应变结构拉伸脚本

mylifecg

如题，为提高 工作效率，又由于个人程序方面不才，特此向各位高手求助力学拉伸程序。不胜感激！

ggdh

mylifecg 发表于 2017-4-20 09:34
不好意思，补充一下我的求助细节啊：
我是想对二维材料进行某个方向的拉伸，比如沿着x方向拉伸，就要实现 ...

为啥不一次把各种百分比的都拉伸好，在分别算。你这样串行算效率多低啊？

mylifecg

万里云 发表于 2017-4-20 11:57
这个问题最棘手的部分是生成不同的POSCAR。POSCAR中原子坐标不变，只根据一套公式改变基矢。

麻烦就在这 ...

十分感谢您的回复。

万里云

这个问题最棘手的部分是生成不同的POSCAR。POSCAR中原子坐标不变，只根据一套公式改变基矢。

麻烦就在这改变基矢上了。拉伸还行，压缩有个负号-，而-在Shell中又有其它用途，导致程序稳定性堪忧。

据个人经验，先用Matlab把POSCAR做好，再逐个计算最好。Shell的计算能力实在着急。

贴个用QuantumESPRESSO优化不同应变下结构的脚本：

1. #! /bin/bash
   
2. 
   
3. runjob()
   
4. {
   
5.         local a1x=$(echo $a      | awk '{printf "%14.9f", $1/2}')
   
6.         local a1y=$(echo $a $ita | awk '{printf "%14.9f", (1-$2)/2*sqrt(3)*$1}')
   
7.         local a2x=$(echo $a      | awk '{printf "%14.9f", -$1/2}')
   
8.         local a2y=$(echo $a $ita | awk '{printf "%14.9f", (1-$2)/2*sqrt(3)*$1}')
   
9.         cat > $ita.in << EOF
   
10. &CONTROL
    
11.     prefix           = '$ita'
    
12.     calculation      = 'relax'
    
13.     restart_mode     = 'from_scratch'
    
14.     pseudo_dir       = './'
    
15.     outdir           = './'
    
16.     wfcdir           = './'
    
17.     verbosity        = 'high'
    
18.     wf_collect       = .TRUE.
    
19.     nstep            = 250
    
20.     etot_conv_thr    = 7.3d-6
    
21.     forc_conv_thr    = 3.8d-4
    
22.     tprnfor          = .TRUE.
    
23. /
    
24. &SYSTEM
    
25.     ibrav            = 0
    
26.     celldm(1)        = 1.889726125
    
27.     ntyp             = 2
    
28.     nat              = 2
    
29.     ecutwfc          = 70
    
30.     nbnd             = 16
    
31.     occupations      = 'smearing'
    
32.     smearing         = 'gaussian'
    
33.     degauss          = 0.005
    
34. /
    
35. &ELECTRONS
    
36.     electron_maxstep = 250
    
37.     conv_thr         = 1.0d-8
    
38.     mixing_mode      = 'plain'
    
39.     mixing_beta      = 0.7
    
40.     mixing_ndim      = 8
    
41.     diagonalization  = 'david'
    
42.     diago_david_ndim = 4
    
43. /
    
44. &IONS
    
45.     ion_dynamics     = 'bfgs'
    
46. /
    
47. ATOMIC_SPECIES
    
48.    A   1.0   A.pbe-mt_fhi.UPF
    
49.    B   2.0   B.pbe-mt_fhi.UPF
    
50. CELL_PARAMETERS {alat}
    
51. $a1x$a1y   0.000000000
    
52. $a2x$a2y   0.000000000
    
53.    0.000000000   0.000000000  20.500000000
    
54. ATOMIC_POSITIONS {crystal}
    
55.    B   0.333334671   0.333334671   0.431781565
    
56.    A   0.666665091   0.666665091   0.369744698
    
57. K_POINTS {automatic}
    
58. 12 12 1 0 0 0
    
59. EOF
    
60.         $MPIRUN pw.x -in $ita.in &> $ita.out
    
61.         wait
    
62.         rm -r *.save
    
63.         wait
    
64. }
    
65. 
    
66. ncore=20
    
67. MPIRUN="mpirun -np $ncore"
    
68. topdir=$(pwd)
    
69. a=4.055466757
    
70. for ita in $(seq 0.0 0.005 0.03); do
    
71.         runjob
    
72. done

复制代码

mylifecg

不好意思，补充一下我的求助细节啊：
我是想对二维材料进行某个方向的拉伸，比如沿着x方向拉伸，就要实现晶格常数的逐步增大（比如每一步增加1%），且下一步应变需要用到上一步的输出CONTCAR文件作为下一步的POSCAR输入文件。每一步计算都要输出一个一个文件夹为保存此步的计算结构。比如对应1%的拉伸可输出一个命名为1的文件夹，包含了此步拉伸的计算结果。2%拉伸的计算结果可输入一个命名为2的文件夹，包含了此步拉伸的计算结果。2%的拉伸实在1%拉伸的基础上实现的。所以要用到1计算的结果文件CONTCAR再继续拉伸。

sobereva

至少也得把用的程序写明了，要从答疑者的角度去思考需要提供什么信息，尤其是脚本这直接牵扯到计算程序，没有细节没法回答

ggdh

你这个问题不详细啊。