Sobtop在pipeline中收到mol2后报错

dodobird1

小白写了一个pipeline去做聚合物的性质预测，然后输入smiles为"*C=C(*)C(=O)OCCCCCCc1ccccc1"时在pipeline中到了sobtop生成给gmx的输入文件这一步产生了报错：
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/4163750/fd/0

恳请各位大佬指点！

dodobird1

sobereva 发表于 2025-8-20 02:47
这种问题没法回答，pipeline不是sobtop标准运行方式。如果脚本是你自己写的，把脚本拆开来一步步debug。如 ...

谢谢sob老师！
运行的指令其实就是printf "1\n3\n" | sobtop {monomer_id}/{monomer_id}_mol2.mol2以及printf "2\n" | sobtop {monomer_id}/{monomer_id}_mol2.mol2
输入的pdb我刚刚加入到附件当中
恳请各位大佬看一下什么问题

sobereva

这种问题没法回答，pipeline不是sobtop标准运行方式。如果脚本是你自己写的，把脚本拆开来一步步debug。如果是别人发布的pipeline，把原始链接给出来避免含糊性。pipeline是一个概念，没前提的情况下没有具体指代。