如何计算出大于0的结合能，以一篇AM为例

ABetaCarw

模型键线式


计算参数如下


结果展示


请教大家，如何计算出SCOF-2对Li2S6是 比较负的结合能，算SCOF-2对S6是比较正的“结合能”？

ABetaCarw

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-5 18:06
这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaus ...

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Uus/pMeC6H4-/キ

这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaussian 09 package是什么意思？拿分子力场做了多硫负离子链构象搜索，结合位点构型搜索，还是单纯的几何优化？连力场参数都没提，如何验证对多硫负离子是否可靠？

计算结合能时in the gas phase也有问题，毕竟反应涉及Li+、[S6]2-等各种离子，介电环境可能对结合能正负这种定性结论都有影响，更别说定量精度了（虽然溶液环境的BSSE不好严格处理，但我觉得相比隐式溶剂模型带来的误差而言BSSE算是次要因素）。说到离子的问题，为什么COF上的磺酸基没有电离出质子，但是多硫负离子又没有被质子化？如果摆一个COF通过磺酸基氢键和[S6]2-联系的结构，会不会又算出来负的结合能？以及有没有可能COF只是单纯吸附/结合/嵌入Li+离子，而未必和多硫负离子有吸引的相互作用呢（原文有一句The SCOF-2 tethered with the concentrated sulfonic group could act as an ionic sieve for repelling polysulfide anions, adsorbing molecular LiPSs, and simultaneously facilitating Li+ migration）？

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Stardust0831

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:40
他这里的相互作用能是 复合物减去 孤立结构的，所以如果两个分子能够结合 在当前这种（文献SI写了 ）计算 ...

错别字了，改了改了

ABetaCarw

Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:38
就不应当出现负数呀。
这里有负数很奇怪很奇怪。

他这里的相互作用能是 复合物减去 孤立结构的，所以如果两个分子能够结合 在当前这种（文献SI写了 ）计算公式，那么负数是正常的。正数才让我很费解

Stardust0831

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:33
就当前这个模型 这个计算参数，还有没有什么可能正常算出来 正数？

就不应当出现正数呀。
这里有正数很奇怪很奇怪。

ABetaCarw

Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:14
肯定要弛豫的呀。
某些文献里的既不几何优化得到的、又不是高精度实验测得的纯手动建模的结构没啥意义。 ...

就当前这个模型 这个计算参数，还有没有什么可能正常算出来 正数？

Stardust0831

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:07
我好奇的是 这种孤立结构，如果两者之间有正的“结合能” ，为何不能几何结构弛豫消解势能 从而降低复合 ...

肯定要弛豫的呀。
某些文献里的既不几何优化得到的、又不是高精度实验测得的纯手动建模的结构没啥意义。

我的情况是我正常几何优化过了，但是高精度单点得到的还是正的结合能。我在排查是不是换基组的原因，我cutoff啥的都是统一的。

ABetaCarw

Stardust0831 发表于 2025-8-5 14:57
我最近算电池体系也遇到一例非常奇怪的interaction energy是正的。1eV多。
级别是PBE-D3/TZVP-MOLOPT-GT ...

我好奇的是 这种孤立结构，如果两者之间有正的“结合能” ，为何不能几何结构弛豫消解势能 从而降低复合物能量？

Stardust0831

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 14:50
也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意 是我没能揣摩出来的。

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Stardust0831

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 14:50
也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意 是我没能揣摩出来的。

我最近算电池体系也遇到一例非常奇怪的interaction energy是正的。1eV多。
级别是PBE-D3/TZVP-MOLOPT-GTH//PBE-D3/DZVP-MOLOPT-SR-GTH
还是我自己亲手用cp2k算的。
绷不住了。

我最近检查一下统一基组有没有用吧

ABetaCarw

wal 发表于 2025-8-5 14:37
不会是随便摆的吧

也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意 是我没能揣摩出来的。

wal

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ABetaCarw

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