有关MOF结构优化及计算与气体间的结合能疑问

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-6-27 20:54:12

各位老师好，（以下计算均为cp2k.popt版，2022.2版本，24核，输入文件由multiwfn产生）我在做MOF结构优化过程中，采用了两种模型，一是采用MOF原始晶胞，1*2*1，二是从3*3*超胞中截取了一部分，包含了一个完整的孔结构，不知道对不对。两个都计算了一周，还没有结束，我能否用MS的forcite先进行结构优化，再用CP2K只优化H原子呢？（我在做COF结构优化也是类似问题，算一周甚至更长时间，基组同上）
计算与气体间的结合能时，CP2K有没有像gaussian的counterpoise关键词那样的功能？直接输出校正后的相互作用，还是需要单独算两个分子的单点再减去呢？
2的输出文件过大，无法上传，这是第77步的计算结果

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-10 23:19:05

卡开发发发表于 2025-5-10 21:05
一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会 ...

非常感谢卡老师的回复

卡开发发 · 发表于 Post on 2025-5-10 21:05:57

streamlet 发表于 2025-5-10 15:46
卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗 ...

一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会导致结构塌掉，而且这个结晶水也不参与主要关注的过程，这种情况可以删。苯环或氧上的H我暂时断定不了，得看具体结构，通常苯环上的H应该不太容易下来。

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-10 15:46:09

卡开发发发表于 2024-7-3 15:49
你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS ...

卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗？除此之外，结构中苯环上的氢，以及结构中与金属配位氧上的氢，是否也都可以删掉来做结构优化以及计算吸附原子的吸附能？

Mortal · 发表于 Post on 2024-10-18 20:36:53

请问你的第二个从超胞截取出来是一个想要的片段还是重复单元？，还有你截取是直接将多余部分删掉吗？

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 19:53:36

卡开发发发表于 2024-7-3 18:14
那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

好的好的，谢谢老师。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 19:50:29

小可几何发表于 2024-7-3 18:16
你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

我这方面不太懂，做法比较简单粗暴，直接给截出来的片段加了一个盒子。

小可几何 · 发表于 Post on 2024-7-3 18:16:59

你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-3 18:14:24

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 16:52
有个小问题，不知道为啥我下载的cif文件结构是乱的。我下载了您的cif文件，O和Al配位，应该不会接H了，现 ...

那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 16:52:48

卡开发发发表于 2024-7-3 15:49
你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS ...

有个小问题，不知道为啥我下载的cif文件结构是乱的。我下载了您的cif文件，O和Al配位，应该不会接H了，现在试一下只优化H原子，十分感谢您的耐心解答。

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-3 15:49:45

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 14:44
CCDC来源https://www.ccdc.cam.ac.uk/struc ... eToSearch=Published，根据网站上的晶胞信息重新建的。这 ...

你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS自动补H能补到24，剩下一个H我不太能确定是在羧基还是单独的O上面，从计量数估计最有可能在单独的O上，这个你需要自己测试。

691978.cif (2.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 14:44:23

本帖最后由红茶泡枸杞于 2024-7-3 14:53 编辑

卡开发发发表于 2024-7-3 11:36
有可能，我用了一些快速的方法试了一下看上去结果不是很好，你可以把数据来源发一下看看。

CCDC来源https://www.ccdc.cam.ac.uk/struc ... eToSearch=Published，根据网站上的晶胞信息重新建的。这个是在CCDC上下载的文件

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-3 11:36:17

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 11:22
从CCDC上下的，用MS打开后发现结构变了，然后根据CCDC上的信息重新建的，是模型本身错了吗？

有可能，我用了一些快速的方法试了一下看上去结果不是很好，你可以把数据来源发一下看看。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 11:22:47

卡开发发发表于 2024-7-3 10:56
你cif啥渠道获取的？自己随手搭建的？根据文献搭建的？还是文献已有的结构更换了元素？

从CCDC上下的，用MS打开后发现结构变了，然后根据CCDC上的信息重新建的，是模型本身错了吗？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-3 10:56:59

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 09:41
我在这方面的知识过于浅薄，只会计算，一旦出了问题就不知如何下手，这是.cif文件，我一直有点担心晶胞边 ...

你cif啥渠道获取的？自己随手搭建的？根据文献搭建的？还是文献已有的结构更换了元素？

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