请问大家用charmm-gui建模后的步骤

namd学者 · 发表于 Post on 2021-5-13 15:06:43

如题，最近用charmm-gui建了模型，并且还给了我使用的模拟软件（NAMD）的配置文件，可是其中的文件太多了，我使用文件7来运行时，提示出错。所以想请问大家，charmm-gui生成的文件是从哪一个文件开始运行呢？还是说要自己重新写呢？

许正东 · 发表于 Post on 11 hour ago

liupeng 发表于 2021-11-12 15:48
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学校的edu.cn邮箱申请，很快就会通过。

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2023-9-17 20:30:03

需要学术机构邮箱的

liupeng · 发表于 Post on 2021-11-12 15:48:09

如何申请charmm-gui的账号呢？

liupeng · 发表于 Post on 2021-11-12 15:47:39

怎么申请charmm-gui的账号呢？

namd学者 · 发表于 Post on 2021-5-13 19:44:52

fhh2626 发表于 2021-5-13 19:13
建议用step5的psf和pdb，然后自己写config文件

谢谢老师的回答。老师我想问下他这个Inp文件中的 exec sed -e "s/\$FC/200/g" restraints/dihe.txt > restraints/$outputname.dihe这种语句是什么意思呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-13 19:13:41

建议用step5的psf和pdb，然后自己写config文件

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