过渡态计算为什么分子沿着平行z轴的方向放置？

飞翔的猪

最近在学习大师兄网站关于“过渡态”计算的内容，在EX71章节乙烷过渡态计算中发现文中提到一句话：“首先，我们要搭建一个初始的乙烷构型。把C—C键的两个C平行于z轴”，不是
很理解为什么需要将分子平行Z轴放置，所以想请教一下大家 ，具体参考网址：https://www.bigbrosci.com/2018/11/09/ex71/

飞翔的猪

卡开发发 发表于 2019-11-30 03:17
1、意思是，直接拿交错构象转到重叠式（或者说能猜出过渡态大致结构的情况）做精修就行。消除虚频尽量用 ...

非常感谢老师的回复  谢谢您

卡开发发

飞翔的猪 发表于 2019-11-29 15:20
老师您好，非常感谢您的回复  还有一些地方不是很清楚想请教您。

您说“还不如直接转到重叠构象算频率 ...

1、意思是，直接拿交错构象转到重叠式（或者说能猜出过渡态大致结构的情况）做精修就行。消除虚频尽量用合适的精修方法优化比较合适。
2、

前面三个特别小所以可以直接忽略

是。这里产生虚频的原因我认为有以下几种可能：
（1）盒子不足够大，分子相对于周期性边界整体运动的虚频。
（2）计算精度不足引起。
（3）此处约束极小与鞍点差异引起的，也就是说约束极小找到的并非是真正的鞍点。这个在楼上最后说明的就是这件事。

飞翔的猪

卡开发发 发表于 2019-11-29 13:30
应该平行某个轴向就行。

因为这里要求连个CH3只能沿着C-C轴弛豫，VASP只能固定直角坐标，你随便放的话， ...

老师您好，非常感谢您的回复  还有一些地方不是很清楚想请教您。

您说“还不如直接转到重叠构象算频率精修来的更简单” ，不知道这样理解是否正确：指的是对重叠构象已优化好的结构进行频率计算，看虚频的方向进行“消除虚频”的操作，最后让过渡态的虚频只有一个。

该学习网址中计算的过渡态虚频有4个 分别是6 30 58 265 cm-1，它认为这个结构是过渡态是因为前面三个特别小所以可以直接忽略？我认为是不是在这个优化的基础上还需要把30 和58 cm-1的虚频消掉才可以更好的说明它是过渡态

卡开发发

应该平行某个轴向就行。

根据对称性手动搭建过渡态的结构，以及固定坐标，选择性地优化等

因为这里要求连个CH3只能沿着C-C轴弛豫，VASP只能固定直角坐标，你随便放的话，不利于做约束。

思考：这样得到的真的一定是严格的过渡态？我这样认为，其中H的xy仍然是在约束下得到的，并非所有体系释放约束之后max gradient一定能落在收敛标准之内，所以这种方式来获取稍微好一些的初猜结构还行，之后最好还是严格做一下精修（比如dimer或PRFO之类的）。既然这样，还不如直接转到重叠构象算频率精修来的更简单。