请教无定形交联聚合物如何建模

naoki · 发表于 Post on 2019-7-24 15:21:41

本帖最后由 naoki 于 2019-7-24 15:30 编辑

想请教下有没有依托GROMACS的代码或者软件，可以实现交联聚酰胺初始结构的构建。LAMMPS可以用Polymatic，但是还想问问GROMACS有没有类似的操作。没有的话我就去学习LAMMPS了

JCenter · 发表于 Post on 2023-2-19 22:08:21

本帖最后由 JCenter 于 2023-2-19 22:09 编辑

naoki 发表于 2023-1-12 15:02
同行啊不过我用的polymatic 没用过pysimm

哈哈哈，刚看到消息，我放弃pysimm，改用polymatic了。主要是polymatic有manual。另外，我刚开始做，想加下大佬的qq,有不懂的想请教大佬

。我的qq是1714463007。

naoki · 发表于 Post on 2023-1-12 15:02:51

JCenter 发表于 2023-1-10 22:59
大佬，我最近在学习如何进行哌嗪和均苯三甲酰氯形成的高分子聚合物建模，看了公社内大量的帖子，发现需要 ...

同行啊不过我用的polymatic 没用过pysimm

JCenter · 发表于 Post on 2023-1-10 22:59:46

naoki 发表于 2019-8-7 12:41
谢谢！polymatic我差不多知道怎么用了，就是结构单元的LAMMPS data文件还没搞定

大佬，我最近在学习如何进行哌嗪和均苯三甲酰氯形成的高分子聚合物建模，看了公社内大量的帖子，发现需要用lammps集成polymatic(由于停更，好像是用pysimm包了，搜了pysimm的使用，包括包里的示例，硬是没看懂如何操作，不知道您是否使用过pysimm进行建模，是的话，有几个问题想问下您。

SomnusW · 发表于 Post on 2022-4-29 22:42:38

naoki 你好，我是lammps 和 MS的初学者，最近也是在学习TMC和MPD交联聚合成聚酰胺，仔细看了你帖子，但是由于网上的资料有限，仍有许多不会操作的地方，想向你请教一下

xiaoj · 发表于 Post on 2021-9-23 21:43:46

EdwardLimit 发表于 2019-8-6 17:30
贴上一些相关的附件，我也在研究这个

这些文件怎么样才能下载呢

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-25 20:26:26

Lacrimosa 发表于 2021-5-24 11:57
或许可以尝试一下Moltemplate
http://www.moltemplate.org/examples.html

谢谢，我了解下，换到lammps要学习的工具有点多了

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-5-24 11:57:49

tjuptz 发表于 2021-5-23 21:06
确实有时间没做研究了，最近得空又想起这个想搞明白。谢谢解惑，另外发现polymatic如果不用ms搞cvff力场 ...

或许可以尝试一下Moltemplate
http://www.moltemplate.org/examples.html

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-23 21:06:55

naoki 发表于 2021-5-23 14:15
好久不见ptz兄，我通过polymatic聚合时通常设置交联度为100%，实际模拟聚合时由于空间原因，总有部分TMC ...

确实有时间没做研究了，最近得空又想起这个想搞明白。谢谢解惑，另外发现polymatic如果不用ms搞cvff力场的话，比如我用opls手动把完整单体改残基data，那个先列出类型再和序号对应起来很麻烦，而且成键后atom type必须改一下，gaff更没有直接能生成单体data 的。现在考虑转到ms🤔

naoki · 发表于 Post on 2021-5-23 14:15:31

本帖最后由 naoki 于 2021-5-23 14:17 编辑

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:29
楼主好，最近看了下polymatic的手册，也看了几篇相关文章，对于加聚反应（均聚或共聚）还比较方便；但对于 ...

好久不见ptz兄，我通过polymatic聚合时通常设置交联度为100%，实际模拟聚合时由于空间原因，总有部分TMC酰羰基没有连上N原子，但是数量很少，最多十来个，我是手动补羟基，以表示未交联的部分会水解变为羧基（虽然这对我所研究的问题没啥影响）。之后再跑lammps优化。使用H或OH再跑交联也可以，对我来说还是手动补几个来得更快。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-22 21:29:57

楼主好，最近看了下polymatic的手册，也看了几篇相关文章，对于加聚反应（均聚或共聚）还比较方便；但对于缩聚反应我看文章里好多都是用残基来做聚合的，但是用残基的话，得到的结构最后比如像TMC就会有一个或者两个酰羰基。我看楼主在另外一个帖子里给的结构最后酰羰基部分都用羟基封端了，是如何做的呢？
ps 我看有的文献用H或者OH再做一次聚合以封端

tjuptz · 发表于 Post on 2019-9-7 09:41:34

苏玖染发表于 2019-9-7 09:17
我的意思是，直接把端基A交联的那条链看作支链，也就是说，端基A看成是支链的头，那么端基A的rtp肯定要处 ...

好的，我再研究一下怎么处理

苏玖染 · 发表于 Post on 2019-9-7 09:17:02

tjuptz 发表于 2019-9-6 11:27
您做的是如18#所述的分支的咯？
恕我愚钝，看做分支的话就不用specbond.dat而是直接在rtp定义里搞？还没 ...

我的意思是，直接把端基A交联的那条链看作支链，也就是说，端基A看成是支链的头，那么端基A的rtp肯定要处理一下，然后只用特殊键连接

tjuptz · 发表于 Post on 2019-9-6 11:27:19

苏玖染发表于 2019-9-6 10:56
这个需要试，我没有做过交联的部分，端基A如果要交联，rtp肯定不一样；
其实你可以把端基连接的那个链看 ...

您做的是如18#所述的分支的咯？
恕我愚钝，看做分支的话就不用specbond.dat而是直接在rtp定义里搞？还没想清楚

苏玖染 · 发表于 Post on 2019-9-6 10:56:52

tjuptz 发表于 2019-9-5 16:44
您好，假如交联发生在~~~ABABAB~~~的中间B和另外一个链ABABAB~~~的端基A这种写rtp有没有注意的呢？

这个需要试，我没有做过交联的部分，端基A如果要交联，rtp肯定不一样；
其实你可以把端基连接的那个链看作支链处理

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