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[综合交流] 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

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计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
A super lazy script to calculate RESP atomic charges (one line of command calculates the result)

文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Apr-17  Last update: 2024-Sep-6


RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性,可谓极度便利而且极度灵活,明显比Antechamber等其它能计算RESP的程序好用、方便得多得多得多。但在网上的答疑过程中,笔者也看到很多要计算RESP电荷的人完全是量子化学外行,甚至GaussView都不会用,Gaussian的关键词一点也不会写,需要一个极度傻瓜化的“一键”工具来计算RESP电荷,为此笔者在这里介绍一个基于Gaussian和Multiwfn的仅仅需要写一条命令就可以算出RESP电荷的Linux环境下的脚本,可谓将RESP电荷的计算极尽简化,不可能做到更简单了。

另外,笔者在《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/531)中介绍了RESP2电荷,在文中也提供了和本文使用方式基本一样的脚本RESP2.sh来专门用于一键计算RESP2电荷。如果你计算RESP电荷的目的是用于分子动力学模拟,笔者更建议用RESP2来算,有较大可能结果更好。

如果你没买Gaussian,也可以用免费的ORCA量子化学程序结合Multiwfn算各种原子电荷,笔者也提供了相应的傻瓜式脚本,见《ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本》(http://sobereva.com/637)。

如果你想了解本文提供脚本原理是怎么回事,强烈建议仔细阅读《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》(http://sobereva.com/612),里面将一切细节都解释得特别清楚,并能充分体会到写脚本运行Multiwfn多么重要和便利。


1 准备工作

在机子里安装Gaussian。不会装的话仔细看《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》(http://sobereva.com/439)。去http://sobereva.com/multiwfn下载Multiwfn最新版本。然后严格按照《Multiwfn在Linux下安装的中文说明》(http://sobereva.com/688)说的方式安装到Linux下面,从而能通过输入Multiwfn命令启动程序(如果你装的是noGUI版,需要把下面说的脚本里的Multiwfn改为Multiwfn_noGUI)。

对Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP.sh根据需要进行恰当的修改。此脚本默认调用的是g09,Gaussian16的用户应当将其中的g09替换为g16。此脚本默认为在B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP级别下对结构进行优化,然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别下计算单点能同时产生分子表面静电势数据,然后调用formchk把chk文件转化为fchk,最后调用Multiwfn产生RESP电荷。量化计算级别在这个脚本里都体现得很清楚,大家可以根据需要对关键词进行修改。

此脚本默认的计算级别算出的RESP电荷的质量已经很好。当前脚本自动做的B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP级别的几何优化对50个原子体系的耗时就已经不太低了,因此几何优化部分如果算不动或者想显著降低耗时的话,可以把原有的关键词改为# PM6D3 opt,即使用PM6-D3半经验方法在真空中做优化,但这个级别主要只适合普通有机体系而且体系没有局部具有显著离子特征的情况。虽然这样得到的结构精度不如B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP的理想,但对于算RESP电荷的目的问题不大。单点任务部分算不动的话,可以把def2-TZVP降到6-311G**,如果是阴离子建议改为6-311+G**。

注意Gaussian09 D.01版本之前不支持DFT-D3校正,因此用老版本者应当把脚本里em=GD3BJ关键词去掉,相关信息看《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)。


2 使用脚本

将Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP.sh拷到当前目录,使用chmod +x ./RESP.sh给它增加可执行权限。把含有分子结构信息的文件也拷到当前目录,格式必须是Multiwfn认识的(可以是xyz/mol/mol2/pdb/fch/wfn/molden/gjf等等)。然后运行下面的命令:
./RESP.sh [文件名] [净电荷] [自旋多重度] [溶剂名]

比如./RESP.sh H2O.xyz 0 1 ethanol命令将在IEFPCM隐式溶剂模型表现的乙醇环境中计算中性单重态水分子的RESP电荷。如果净电荷和自旋多重度不写,则分别默认为0和1。如果溶剂名不写,默认为water,如果写gas,则在真空下计算。支持的溶剂名见http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm的末尾。

计算完毕后,当前目录下就有了和输入文件同名的.chg文件。这是个文本文件,前四列是元素名和优化后的坐标,最后一列就是RESP电荷。以下是运算过程的输出例子:

[root@192 other2]# ./RESP.sh H2O.xyz
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Running optimization task via Gaussian...
Done!
Running single point task via Gaussian...
Done!
Running formchk...
Running Multiwfn...
Finished! The optimized atomic coordinates with RESP charges (the last column) have been exported to H2O.chg in current folder


如果调用Gaussian运行失败,脚本就会自动停止,届时大家请仔细检查当前目录下的gau.out文件判断出错原因。

计算的时候用的CPU核数取决于Default.Route文件里的-P-设置,这点在《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》(http://sobereva.com/439)里说了。

本文的做法只是以最一般的方式计算RESP电荷,如果需要更灵活的拟合方式,比如设置电荷等价性、设置某个片段总电荷为特定值等等,需要在Multiwfn的RESP模块的界面里进行设置,在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)文中有充分、详细的介绍。

如果你的输入的结构文件里的结构就已经足够好,不想让脚本自动再做优化浪费时间,可以用examples\RESP\目录下的RESP_noopt.sh代替前述的RESP.sh,二者用法完全一样,只不过前者不做优化步骤。

如果你的体系里含有18号及以后的元素,由于Gaussian没有内置拟合静电势用的原子半径,因此无法通过以上脚本自动得到RESP电荷,而必须手动做Gaussian计算得到fch文件后自行利用Multiwfn按照http://sobereva.com/441说的操作来计算RESP电荷(届时也会提示缺半径,但按照屏幕上的提示,用Multiwfn自动推荐的半径即可)。

如果以本文的方式计算了RESP电荷,请别忘了引用Multiwfn原文。引用方式在《Multiwfn FAQ》(http://sobereva.com/452)里写明了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 04:24:42 | 只看该作者 Only view this author
qixun 发表于 2024-4-16 12:10
你好老师,想问一下这个目录是有指定路径吗,我把RESP.sh以及摩尔结构文件放在一起,运行Multiwfn检索不到 ...

执行脚本的命令是在linux的终端里运行的,而不是在Multiwfn程序里运行的
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发表于 Post on 2024-4-16 12:10:25 | 只看该作者 Only view this author
你好老师,想问一下这个目录是有指定路径吗,我把RESP.sh以及摩尔结构文件放在一起,运行Multiwfn检索不到文件

微信图片_20240416120038.png (106.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 72)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 11:06:53 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-9 15:58
好的老师,就是我用1fs不加约束去执行完npt,可以直接进行下一步吗?还是说再来一步2fs加约束的npt?

可以
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发表于 Post on 2022-11-9 15:58:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-7 10:07
语义不明
本来NPT就是MD用的系综的一种
表述必须严谨、清楚

好的老师,就是我用1fs不加约束去执行完npt,可以直接进行下一步吗?还是说再来一步2fs加约束的npt?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-7 10:07:12 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 15:31
好的谢谢老师,老师我用完1fs不加约束跑完npt可以直接md吗?看您在问答里面说等体系弛豫了在换用2fs加约 ...

语义不明
本来NPT就是MD用的系综的一种
表述必须严谨、清楚
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发表于 Post on 2022-11-6 15:31:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 13:55
没其它前提不好说有没有其它硬伤,但只针对这一点来说,没必然问题

好的谢谢老师,老师我用完1fs不加约束跑完npt可以直接md吗?看您在问答里面说等体系弛豫了在换用2fs加约束试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 13:55:39 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 11:35
老师,如果2fs,加约束报错了,用1fs不加约束成功了,结果可信吗?

没其它前提不好说有没有其它硬伤,但只针对这一点来说,没必然问题
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发表于 Post on 2022-11-6 11:35:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 10:59
2fs加约束省时间,所以通常都用这种

老师,如果2fs,加约束报错了,用1fs不加约束成功了,结果可信吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 10:59:06 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-6 10:56
好的,谢谢老师,老师,我看您说用1fs可以不加约束去做nvt、npt,然后我做了也没有报错,那我想问您跑md ...

2fs加约束省时间,所以通常都用这种
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发表于 Post on 2022-11-6 10:56:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 09:29
结果没意义
诸如模拟水的时候所有原子电荷都为0,相当于氢键都完全无法描述,标况下水就全蒸发了
不要 ...

好的,谢谢老师,老师,我看您说用1fs可以不加约束去做nvt、npt,然后我做了也没有报错,那我想问您跑md那步也是1fs 不加约束吗?还是说可以2fs加约束?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 09:29:34 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-4 11:11
是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束 ...

结果没意义
诸如模拟水的时候所有原子电荷都为0,相当于氢键都完全无法描述,标况下水就全蒸发了
不要以为不报错结果就能用
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发表于 Post on 2022-11-4 12:22:15 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-4 11:11
是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束 ...

当然不对啊,电荷是非常重要的啊。
简单的一个例子,如果所有的电荷都是0,那你如何区别难溶于水三乙胺和易溶于水三乙胺盐酸盐的阳离子部分。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-11-4 11:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-4 07:52
没有叫sob的程序

没有原子电荷怎么描述静电相互作用

是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束一直正常,不知道会不会影响结果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-4 07:52:13 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-3 10:57
老师,我用sob生成小分子立场文件,itp文件不加原子电荷那块行吗?(我看您说算resp然后加上),能正常跑 ...

没有叫sob的程序

没有原子电荷怎么描述静电相互作用
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