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[GROMACS] 请教: MD产生相可以用Berendsen压浴吗?P-R压浴参数tau_p取>=3的值可以接受吗

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本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-16 15:23 编辑

老师好,大家好,我做NPT模拟一个边长3nm的立方纯溶剂盒子。先做了EM和平衡相模拟(步长1fs,共5ns,做的时间比较长,是因为之前报错说可能没达到平衡,我想这样应该能确保达到平衡了吧)。然后做产生相模拟,控压用的P-R, tau_p=2.5,但是盒子边长刚开始正常、后来变得特别大(几纳米增至上百纳米),然后又缩小、又变大一个来回,压力见下图左上角。于是我尝试tau_p=3,这样得到的盒子尺寸变化较小、看起来正常,得到压力如右下角的图所示。也尝试了Berendsen压浴,这样得到的盒子看起来也很正常,得到压力如左下角的图所示。请问可以为P-R压浴用tau_p=3甚至更大的值吗?产生相可以用Berensden压浴吗,记得sob老师说审稿人会可能会有意见,该怎么办呢?

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发表于 Post on 2025-3-25 08:53:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-25 00:28
gmx 2021起就支持了

Berendsen压浴没什么毛病,只是用于产生相容易被较真审稿人bb

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-3-25 00:28:10 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-24 21:25
那我还是用P-R压浴吧,不清楚服务器的gromacs2022.6版本能不能适配C-rescale压浴

gmx 2021起就支持了

Berendsen压浴没什么毛病,只是用于产生相容易被较真审稿人bb
PR压浴只适合产生相,而时常有人发现产生相改用PR后出现异样,还不如一直用Berendsen
c-rescale很理想、最普适,但提出晚,一些审稿人对其还不了解,文章里可以解释一下用它的理由,免得被问为什么不用PR
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-24 21:25:59 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2025-3-24 21:01
Berendsen比较过时了,现在主流是P-R,但是C-rescale则是未来几年的主流

至于审稿人会不会揪着Berends ...

那我还是用P-R压浴吧,不清楚服务器的gromacs2022.6版本能不能适配C-rescale压浴

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发表于 Post on 2025-3-24 21:01:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2025-3-24 21:03 编辑
science_6 发表于 2025-3-24 20:18
sob老师好,请问已经到了2025年产生相如果继续用Berensden压浴的话,盲审的话审稿专家会纠着压浴这一点不 ...

Berendsen比较过时了,现在主流是P-R,但是C-rescale则是未来几年的主流

至于审稿人会不会揪着Berendsen不放,要看运气了。如果我是审稿人,我会放过这一次,但建议以后改用更好的。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2025-3-24 20:18:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 science_6 于 2025-3-24 20:20 编辑
sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

sob老师好,请问已经到了2025年产生相如果继续用Berensden压浴的话,盲审的话审稿专家会纠着压浴这一点不放吗?或者说现在这两年产生相一般都是常用的是P-R压浴吗?

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发表于 Post on 2024-7-23 03:37:09 | 只看该作者 Only view this author
肥力丝 发表于 2024-7-21 09:09
请问老师,我在模拟一张细胞膜,在NPT平衡过程中,首先使用P-R但是会报告段错误,然后我更改了先使用Bere ...

本来就该这样用
说明一开始的膜面积明显偏大
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发表于 Post on 2024-7-21 09:09:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

请问老师,我在模拟一张细胞膜,在NPT平衡过程中,首先使用P-R但是会报告段错误,然后我更改了先使用Berendsen运行10ns,然后使用P-R,不会报错,但是盒子变小了三分之一,请问老师这样更改会影响结果可以和直接用P-R压浴的结果对比吗?谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-10-4 15:02:45 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2020-10-3 00:00
请问老师,如果产生相也用Berensden压浴,那和平衡相有什么区别呢,除了培训例子eq.mdp里退火外,只是多 ...

目的和意义不同
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发表于 Post on 2020-10-3 00:00:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题,有些人对理论过于吹毛求疵了

请问老师,如果产生相也用Berensden压浴,那和平衡相有什么区别呢,除了培训例子eq.mdp里退火外,只是多跑了几纳秒吗
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发表于 Post on 2019-11-11 11:25:23 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-11-7 06:30
老师,请问用Berendsen 压浴的时候(算平衡相的时候)tau_p也是有随意性且对结果的影响很小吗?比如用个 ...

影响不大。一般我用0.5 ps

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-7 06:30:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-9 20:25
很小,而且有随意性
这只不过是控制压浴的强度而已,参数差个一星半点,也就是微观波动程度会有所不同, ...

老师,请问用Berendsen 压浴的时候(算平衡相的时候)tau_p也是有随意性且对结果的影响很小吗?比如用个较大点的tau_p值tau_p = 1.0是可以的吧.
谢谢。
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发表于 Post on 2019-5-10 10:25:54 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-5-9 10:02
谢谢老师。您的意思是在能算的情况下,tau_p的值对计算结果影响很小吗?可以请教一下为什么这对结果影响 ...

很小,而且有随意性
这只不过是控制压浴的强度而已,参数差个一星半点,也就是微观波动程度会有所不同,从最终统计结果上看看不出多大差异

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-9 10:02:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-8 19:02
可以。这对结果影响很小

谢谢老师。您的意思是在能算的情况下,tau_p的值对计算结果影响很小吗?可以请教一下为什么这对结果影响很小吗,怎么理解?
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发表于 Post on 2019-5-9 09:02:19 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-5-8 06:12
老师好@sobereva ,如果我要对比一组MD计算结果,那么这一组MD计算要用相同的tau_p才行吗?换句话说,如果 ...

可以。这对结果影响很小

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