计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 32120|回复 Reply: 24
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 关于pKa的计算问题

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

1175

eV
积分
1189

Level 4 (黑子)

大家好,我用gaussain计算分子的pKa。
计算步骤严格按照量子化学培训班讲义上的实例(腈乙酸)进行,试计算了甲酸和甲醇两个小体系,计算结果和实验值差别比较大的。
纠结了两三天,实在找不到问题所在,还请各位高人老师帮我看看问题出在了哪里。
附件是我的原始输入代码和最后的计算结果,exel表格是对讲义上腈乙酸和自算甲醇,甲酸计算结果的汇总。

PKajs.xlsx

10.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 177

结果汇总文件

PKajs.rar

1.86 MB, 下载次数 Times of downloads: 13323

输入和输出文件

890

帖子

3

威望

1679

eV
积分
2629

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

24#
发表于 Post on 2025-7-24 15:08:30 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-7-24 13:03
sob老师,我想问一个很蠢的问题。因为我有个涉及质子向溶剂水分子转移的反应(溶剂为水)。所以我想问下 ...

J. Chem. Educ., 2017, 94, 6, 690–695Helv. Chim. Acta., 2024, 107, e202400103的观点,25 ℃下水在水中的pKa就应该是14。
√546=23.36664289109

266

帖子

0

威望

935

eV
积分
1201

Level 4 (黑子)

23#
发表于 Post on 2025-7-24 13:03:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

sob老师,我想问一个很蠢的问题。因为我有个涉及质子向溶剂水分子转移的反应(溶剂为水)。所以我想问下水分子在水溶液中,pKa应该算多少呢?我看过两种说法,有用15.7的也有用14的

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

22#
发表于 Post on 2025-6-26 02:09:23 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2025-6-25 21:06
老师,请问对于含有特殊元素的,需要赝势基组的话,咱们这个方法和基组缺少赝势,请问这种情况需要怎么解 ...

按下文以标准方式计算自由能,赝势该用就用
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

117

帖子

0

威望

1977

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

21#
发表于 Post on 2025-6-25 21:06:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

老师,请问对于含有特殊元素的,需要赝势基组的话,咱们这个方法和基组缺少赝势,请问这种情况需要怎么解决啊?如果换方法基组的话老师有推荐的吗?

29

帖子

0

威望

515

eV
积分
544

Level 4 (黑子)

20#
发表于 Post on 2023-10-18 18:08:22 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师一个问题,按照综述——“Theoretical Calculations of AcidDissociation Constants: A Review Article”中的公式去计算pKa时(下图1),Gsol(HA)的数值代表的是HA在溶剂下的溶解自由能吧?按照HA的溶解自由能去算的时候,得到的值为29.64,而P204在煤油中的实际pKa通常在3至5之间,本人的计算结果如图2所示,几何优化和振动分析采用的是B3LYP/6-311G*,计算单点能用的是B3LYP/6-311++G**,是因为泛函和基组选择的不当导致的嘛?

202310181808029398..png (279.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202310181808029398..png

202310181808173510..png (13.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202310181808173510..png

37

帖子

0

威望

316

eV
积分
353

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2022-4-14 19:25:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-14 19:18
这种非极性溶剂里的pKa没有明确定义,因为不存在稳定的溶剂化质子。得先确认你要算的量有明确定义,才能 ...

好的,谢谢老师!

1万

帖子

0

威望

8993

eV
积分
20742

Level 6 (一方通行)

18#
发表于 Post on 2022-4-14 19:18:42 | 只看该作者 Only view this author
Qing 发表于 2022-4-14 11:58
sob老师,我想请问一下,如果我想计算有机物如苯甲酸在正十二烷溶剂中的pKa,计算过程是否和您帖子中甲酸在 ...

这种非极性溶剂里的pKa没有明确定义,因为不存在稳定的溶剂化质子。得先确认你要算的量有明确定义,才能算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

37

帖子

0

威望

316

eV
积分
353

Level 3 能力者

17#
发表于 Post on 2022-4-14 18:58:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想请问一下,如果我想计算有机物如苯甲酸在正十二烷溶剂中的pKa,计算过程是否和您帖子中甲酸在水中pKa的过程一致,只需把计算过程中所有的溶剂替换成正十二烷就可以了?谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2022-1-5 00:52:43 | 只看该作者 Only view this author
蛋蛋 发表于 2022-1-4 19:36
老师您好,我看了您的输入文件,气相没有优化频率关键词;溶解自由能只是写了smd,我看到没有加溶剂呀, ...

搞清楚热力学组合方法是怎么回事,CBS-QB3本身自动就做优化和振动分析

把此文一个字一个字仔细看了
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

315

eV
积分
348

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2022-1-4 19:36:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-29 18:50
气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能,这里说了
谈谈隐式溶剂模 ...

老师您好,我看了您的输入文件,气相没有优化频率关键词;溶解自由能只是写了smd,我看到没有加溶剂呀,请问这样算的合理嘛

1

帖子

0

威望

27

eV
积分
28

Level 2 能力者

14#
发表于 Post on 2019-12-6 16:13:18 | 只看该作者 Only view this author
来向大牛们学习,最近也是需要精确计算PKa

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2019-10-10 18:14:38 | 只看该作者 Only view this author

4

帖子

0

威望

46

eV
积分
50

Level 2 能力者

12#
发表于 Post on 2018-9-23 20:40:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

老师,我想问一下如果是计算碱性物质比如 CH3NH2 在水溶液中的Pka该如何计算呢

4

帖子

0

威望

75

eV
积分
79

Level 2 能力者

11#
发表于 Post on 2018-9-14 10:04:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

好的 謝謝老師

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120117

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2018-9-14 05:38:15 | 只看该作者 Only view this author
crazy46917 发表于 2018-9-14 00:10
S老師您好,  最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考,想問一下最後面 deltaG 最後 扣掉一個270.29  ...

那是合并常数项得到的


热力学数据计算精度远不是光由基组决定的,还有诸多细节,特别是理论方法。建议你看看比如G4方法的原文,了解一下热力学组合方法的原理,就明白热力学组合方法的价值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 21:24 , Processed in 0.250271 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list