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[算法与编程] 几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集

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这是几何优化、过渡态搜索、IRC的理论和算法相关的45篇综述与56篇原文合集
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part5.rar (6.54 MB, 下载次数 Times of downloads: 2544)
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part4.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2186)
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part3.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2149)
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part2.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2157)
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part1.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2848)

几何优化算法、过渡态搜索算法和IRC生成算法在很多文章里是一起讨论的。很多方法如RFO、GDIIS既能用于做几何优化也能搜索过渡态(因为它们都是势能面的驻点)。有点方法只适用或常用于某类计算(量子化学、第一性原理、分子力学),应根据自己的实际情况进行判断。

对于量子化学的初学者,建议先看“综述”文件夹里面的(按照推荐顺序)
Geometry optimization.pdf
Chem6440 Geom.ppt
Chapter 12-Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen).pdf
Geometry Optimization I(Encyclopedia of Computational Chemistry).pdf
Chapter 5-Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed).pdf
一些文档里面有一些批注,里面的说法可能有误,无视即可。

另外,过渡态搜索方法最全面的介绍可参见《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》(http://sobereva.com/44)。其中很多讨论完全适用于几何优化。



PS:几何优化不收敛是新人最最最常问的问题之一。我相信,当读者看完了上面推荐的综述,再看了笔者专门写过的帖子《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》(http://sobereva.com/164),就不会再因为这个问题犯难了。

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发表于 Post on 2025-3-15 16:35:53 | 只看该作者 Only view this author
好东西 才看到 一定要下载

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-27 00:53:03 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-25 19:05
请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛?我下载后只能打开part1,打开其他压缩包时都会显示“只能打开分 ...

google了解什么叫分卷压缩
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发表于 Post on 2022-11-25 19:05:18 | 只看该作者 Only view this author
请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛?我下载后只能打开part1,打开其他压缩包时都会显示“只能打开分卷第一部分文件”,请问这是什么原因?谢谢!
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

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发表于 Post on 2021-8-12 20:17:41 | 只看该作者 Only view this author
谢谢整理

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发表于 Post on 2021-8-12 19:48:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:17
只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义,就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原 ...

知道了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-8-12 15:17:19 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-8-12 03:44
我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的,昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描 ...

只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义,就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原因,基本没人专门介绍如何理解和应用二维柔性扫描,因为不需要介绍
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-8-12 10:44:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-12 01:57
根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已

我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的,昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描找最优构像,其他没看到二维柔性扫描的应用和分析讨论

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 01:57:15 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-8-11 21:33
老师,我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗?

根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已
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发表于 Post on 2021-8-11 21:33:37 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗?

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发表于 Post on 2021-7-8 14:56:42 | 只看该作者 Only view this author
好帖 顶一个

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发表于 Post on 2021-3-26 15:00:54 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-26 20:55:51 | 只看该作者 Only view this author
过于喧嚣的孤独 发表于 2020-7-26 11:36
sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

我直接上传到这个帖子里了
百毒网盘太垃圾了,莫名其妙就被提示内容敏感
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发表于 Post on 2020-7-26 11:36:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

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发表于 Post on 2019-12-12 09:30:09 | 只看该作者 Only view this author
感谢分享!

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发表于 Post on 2018-12-2 15:28:34 | 只看该作者 Only view this author
谢谢分享,一直在跟随学习

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